空军总司令部成立于1946年，其前身为航空委员会，该部负责空军的组建、训练、作战。空军总司令部置总司令一人、副总司令二人，参谋长1人。下设政治作战部、作战司令部、防空炮兵司令部、训练司令部、后勤司令部、第一署（人事）、第二署 （情报）、第三署（作战）、第四署（后勤）、第五署 （计划）、第六署 （主计）、法规委员会、研究发展委员会、设计委员会、地面安全委员会、作战计划委员会、飞行安全鉴别委员会、飞行安全委员会、总务处、秘书处、副官处、财务处、工程处、通信电子处、气象处、军法处、军医处、军眷管理处、总司令办公室、副总司令办公室、参谋长室、联络室、督察室、军纪纠察室、资料室、研究发展室等机构。政治作战部之下又设秘书室、办公室、行政室、主计室、政一处（人事）、政二处（
心战）、政三处（党务）、政四处（保防）、政五处（康乐）、新闻组等机构。