“三元九运”，是中国划分大时间的方法，古人把20年划分为一运，三个20年也就是三运，形成一元。理论上是九宫飞星的风水流派的“理气派”的核心，它分有四种，时家九宫飞星、日家九宫飞星、月家九宫飞星、年家九宫飞星。
三个元运就是上元、中元、下元，每一元三个运，合称为“三元九运”。
在太阳系的九大行星中，土星与木星每隔20年就要相会一次，处于同一直线；每隔60年，土星、木星、水星就要相会一次；每隔180年，九大行星就会处于太阳的同一侧，分布在一个小的扇面中，形成“九星连珠”。
同时，北斗七星加左辅星和右弼星的运行规律与地球上自然现象和人事吉凶之间存在某种暗合关系，在每运20年都有其中一颗星起主导作用。古人洞悉这一天机，以180年作为一个正元，每一正元包括三个元，即上元、中元、下元；每元六十年，分为三个运。
每运为二十年，即上元是一运、二运、三运，中元是四运、五运、六运，下元是七运、八运、九运，从而构成了完整的三元和九运体系。
这种天体运行规律循环往复，永不改变。以此为基础，通过“三元九运”与洛书九宫、北斗七星加左辅星和右辅为九星、以及九气间的有机结合，建立和发展了一套“时”与“空”统一的堪舆理论、可以精准的推算阳宅运气和人的吉凶祸福，甚至说是国运态势等。
风水学中有“天有九星，地有九宫”之说，九星即为一白、二黑、三碧、四绿、五黄、六白、七赤、八白及九紫。
每一颗星管二十年，此为一运；每三颗星一组，共六十年(一个花甲)，此为一元。上中下三元组合，共有一百八十年，此为一个正元。
九星的五行：
一白星，为坎卦，属水；二黑星，为坤卦，属土；三碧星，为震卦，属木；四绿星，为巽卦，属木；五黄星，居中宫，无卦对应；六白星，为乾卦，属金；七赤星，为兑卦，属金；八白星，为艮卦，属土；九紫星，为离卦，属火。
飞星中的五颗吉星，四颗凶星，体现了风水轮流转的变化规律。