关键是你为什么要读研呢？回答了这个问题，答案就很明显了。
1、毕业后工作。这俩学校差距可不是一般的大啊，很多500强的公司只招top4，北清复交。去上财机会会少很多。不过客观的说，上财的去银行等类型的工作有点优势。交大是首批985的9所大学之一，这俩年这几所学校高了个什么联盟。总之财大和交大在公司眼里不是一个档次的。
2、出国深造。在交大机会要多很多，交大和很多学校都有交换生，联合培养等等。导师交流较多，也可以直接推荐过去（前提是导师对你的工作比较满意）。
另外：
1、学习氛围。你在学校读书并不是孤立的两耳不闻窗外事的。你还需要全能的发展是不？交大作为综合性的理工科强校，各种学术活动，各种名人讲座很多，可以得到很多收获。
2、上海户口。毕业后，能不能拿到上海户口是要评分的。在上海，3所学校的研究生一般不怎么担心户口问题：复旦，交大，同济。其他学校有一定数量的人无法拿到上海户口的。
最后，楼主说的，考研难度差不多，不知道是怎么得到的结论，希望你谨慎点，今年交大的分数线可不低啊。
追问我考的是应用统计学硕士，2011年交大第一年开这个专业，没有招生满，而上财这个专业排名全国第二，今年报录取比例3比一，我该怎么选呢，
追答交大的一些专业是挂名的。比如我刚来交大的自动化系的时候，我的专业是检测技术，实际上交大自动化系只有控制和模式识别。刚开的专业一般没有对应专业的导师，进来后选的导师是哪方面的以后专业就是哪个，专业界限比较模糊。