选择益生菌调理肠道的确是有一定的效果，但不是说当天用益生菌调理肠道当天就出效果的，用益生菌调理肠道还需要一定的时间，但这个时间一般不会太长，而益生菌调理肠道也不能长期进行，否则可能有副作用的，通常益生菌调理肠道要多久的呢?
一般来讲，口服益生菌大约一个月就可以看到明显的改善肠道功能的效果。这是因为益生菌在人体内建立起正常的肠道菌群的时间，就是一个月，益生菌可以调节体内有益菌和有害菌的比例，从而达到对人体比较好的肠道内环境。一个月以后，根据患者的具体情况，如果大便非常规律，没有腹痛，腹泻或者便秘的情况，益生菌就可以停药。如果上述症状持续没有缓解，或者是缓解的程度比较轻，还是伴有腹泻或者是便秘、腹痛等症状，则需要继续口服益生菌。可以在三个月左右，最好不宜超过半年。
益生菌主要是通过调节肠道菌群，维持肠道菌群平衡来恢复肠道的功能，是一种辅助的用药，起效比较慢。日常生活中，一旦出现了腹痛、腹胀、便秘以及其他胃肠道疾病，可以通过口服益生菌来辅助治疗。当然也需要根据相应的病情，配合其他药物进行共同的治疗。需要注意的是，如果在治疗的过程中出现了病情的加重或反复，最好能够进行胃镜以及肠镜的检查明确诊断。
益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。人体对病症的改善的感觉也可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。研究显示，大部分肠道有害菌都有较强的耐酸碱性，耐胆汁和酶解的特性。
新生儿吃益生菌建议配合医生根据宝贝的临床症状服用，服用时间不宜超过一周，以免引起依赖的情况，益生菌具有调理肠胃和缓解便秘的效果，新生儿服用一般情况下是调节肠胃的治疗，服用期间多注意观察孩子的情况，食欲好，而且大便正常建议适当的停止服用，平时多补充水分。
在开始服用益生菌的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是细菌们在肠道里战争的惨烈阶段，而赫氏消亡反应也会发生在这一阶段。有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，抑制益生菌生长及对人体造成不适，益生菌也会释放大量细菌素和各种有机酸来消灭有害菌，所以双方的死亡量都较大。