保健品属于特殊食品，需要先到当地县区级的食品药品监督管理局申请《保健品经营许可证》，然后才能办营业执照，最后办《税务登记证》。
到当地县区级的食品药品监督管理局申请《保健品经营许可证》取得《保健品经营许可证》之后继续在工商部门办理《个体工商户营业执照》，需要的材料是：身份证原件和复印件，店铺的房产证明文件（房产证复印件或者土地证复印件等东西），租赁合同原件和复印件，证件相片一张， 《保健品经营许可证》原件和复印件。取得营业执照30天内到当地的地税、国税部门申请《税务登记证》。
保健食品生产许可证办理手续如下：
1、保健食品企业经营许可申请表；
2、工商行政部门出具的预先核准证明复印件、营业执照复印件；
3、新开办企业提供法定代表人、企业负责人资格证明复印件、身份证复印件；
4、经营场所证明文件复印件；
5、经营场所场地平面布局图企业卫生管理组织文件、卫生及质量管理制度目录；
6、从业人员健康检查证明复印件、从业人员保健食品卫生知识培训材料；
7、申报人不是法定代表人或负责人本人，应当提交企业《授权委托书》；
8、食品药品监督管理部门认为有必要提供的其他资料。
法律依据：
《保健食品管理办法》
申请《保健食品批准证书》时，必须提交下列资料：
（一）保健食品申请表；
（二）保健食品的配方、生产工艺及质量标准；
（三）毒理学安全性评价报告；
（四）保健功能评价报告；
（五）保健食品的功效成分名单，以及功效成分的定性和/或定量检验方法、稳定性试验报告。因在现有技术条件下，不能明确功效成分的，则须提交食品中与保健功能相关的主要原料名单；
（六）产品的样品及其卫生学检验报告；
（七）标签及说明书（送审样）；
（八）国内外有关资料；
（九）根据有关规定或产品特性应提交的其它材料。
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