1、公众参与不足
城市治理理论的研究最早起源于西方国家，无论是理论还是实践都取得了较高的成就。目前，我国的城市管理理论研究和实践则相对处在初级阶段。
许多落后的不符合时代发展的思想观念，比如“官本位”思想、“草民”意识等，从某些方面都抑制了公众参与的积极性，这使得公众在整个城市治理的过程中处于一种不情愿的被动的状态。
2、合作治理程度不够
现在的城市治理的模式仍旧沿用传统城市管理模式和方法，其主要特征是，城市的政府被视为城市治理的唯一主体，非政府组织和其他组织无法或被限制参与治理过程，其作用很难发挥。
城市治理就具体表现为：在城市治理的方法和手段上,主要是依靠行政命令等方式来实行；在城市治理的范围上，绝大部分涉及的是与城市经济建设有关的方面，但是较少顾及城市中的经济与社会以及人与自然协调发展。
3、相关的法制建设不够完善
我国城市治理的主体主要是政府，政府处于核心地位。在我国的城市治理中，往往涉及的是城市政府以及被授权的组织，例如事业单位、企业，在具体行政行为过程中，由于相关的法制不够健全和完善，作为被治理主体的行政相对人的利益有可能遭到侵犯。
4、城市应急管理建设不够
风险已成为现代社会的特征，中国人民大学危机管理研究中心主任唐钧认为：“从某种意义上讲，现代社会就是风险社会，各种风险与城市生活如影随形，有的风险可以防范，但有的风险防不胜防。既然我们不能杜绝所有的风险，就必须提高自身应对风险的能力。”
5、城市治理的创新不够
十八届五中全会进一步强调创新，“全会提出，坚持创新发展，必须把创新摆在国家发展全局的核心位置，不断推进理论创新、制度创新、科技创新、文化创新等各方面创新，让创新贯穿党和国家一切工作，让创新在全社会蔚然成风。
必须把发展基点放在创新上，形成促进创新的体制架构，塑造更多依靠创新驱动、更多发挥先发优势的引领型发展”。