农村合作医疗缴费，一般是到乡镇的民政部门去办理缴费的。不能异地办理医疗保险。只能回户籍地办理。
一、医疗保险农村怎么交费
（一）个人申请
农村居民可携带户口簿、二代居民身份证原件和复印件到户籍所在地的村委会提出参加农村医疗保险的申请，并选择缴费的档次和填写好《农村社会医疗保险参保登记表》一式二份。
（二）村协理员检查
村协理员会负责检查检查《参保登记表》》、《农村户籍老年人家庭社会关系表》确保提供的相关材料和信息无误后，签字并加盖村委会公章，并附上参保人员本人居民二代身份证和户口簿复印件等材料，然后上报乡镇劳动保障事务所。
（三）乡镇初审
乡镇劳动保障事务所会对村里上报的参保登记相关材料进行初审，审核无误后，签字并盖乡镇保障所公章，并及时将相关的基本信息录入到新农保信息系统，然后将《参保登记表》、二代居民身份证和户口簿复印件等材料上报县农保中心。
（四）县农保中心复核
县农保中心确认乡镇上报的参保登记相关材料进行复核，确认无误后，对乡镇劳动保障事务所录入的参保人基本信息进行确认，为参保人员建立个人账户，并签字盖章，将相关材料归档备案。
（五）特别注意
1、缴费标准城乡居民基本医疗保险的参保缴费标准以市政府公布为准。
2、参保登记时间；城乡居民基本医疗保险集中参保登记时间为每年3月4日至5月31日，每年6月1日至每年6月30日为补参保期，参保登记时间：每月4日至月底最后一个工作日。
3、缴费时间；参保人在每年3－5月集中参保期内办理参保手续，并于6－7月完成缴费。
4、一般村干部会组织开会统一征求愿意参保人员意见，根据村里实际情况确定时间。
二、农村医疗保险怎么用
有些人总会草率地认为，购买医疗保险就行了，以后的事都可以由保险自行为自己解决。其实不然，买了保险还不够，还应该清楚如何有效使用医疗保险，避免自身的合法利益未得到合理维护。农村医疗保险又称为农村合作医疗保险，可以合理保障我们基本的医疗服务。那农村医疗保险怎么用呢?依然会有很大一部分人对此是一知半解。要知道，农村医疗保险并不支持异地医疗。有些人本来在农村购买医疗保险，当他们到外地工作时，就会以为不再需要购买保险了，其实这是错误的，农村医疗保险只是针对当地农村人口的相关医疗，在外地并不能有效使用该保险。也就是说，一般情况下，对于异地医疗，我们还是需要购买其他医疗保险对自己进行全面保障。其报销手续简单，只需向当地相关医疗机构提供本人身份证、用药清单、发票、病历本等其它材料。在报销方面，一般分为门诊医疗报销和住院医疗报销，对于门诊医疗报销，可以按50%的比例对符合报销范围的医疗费用进行报销；而对于住院医疗报销，对符合补偿范围的医疗费用实行分类补偿，患者所就医的医疗机构级别不同，所能享受的报销福利也不同。
三、农村医疗保险怎么在网上缴费
目前，农村医疗保险还没有实行网上缴费功能。不过参保人参加农村医疗保险可以到社保中心参保。对于有些地区，村干部会实行统一收集保费，所以大家不用担心。如果当地的村干部没有统一收集保费，大家就自行到社保中心缴费。另外，除了到社保中心缴费，对于续保的缴费人员，可以携带参保人的身份证或户口簿、医疗保险证，到建设银行、工商银行、交通银行等相关银行通过银行卡代扣缴纳保险费或者是自助交款机缴费。需要注意的是，在缴费期间，参保人一定要保证银行卡里面的余额足够扣除保费。
希望以上内容能对您有所帮助，如果您还有其它问题请咨询专业律师。
【法律依据】：《农村合作医疗章程》第六条，
合作医疗基金由参加合作医疗的个人和集体（公益金）筹集，各筹多少应根据需要和可能，经社员群众讨论决定。随着集体经济的不断发展逐步扩大集体负担部分。个人和集体可以用采、种的药材折价交付合作医疗基金。
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