母种保藏的方法有很多种，具体采用哪种方法应根据实际情况而定。常用的基础方法有：斜面继代低温保藏、自然基质保藏（麦谷粒保藏、发酵粪草保藏、木屑保藏、麦麸+木片保藏、木块+琼脂保藏、稻草粉保藏草菇菌种、枝条保藏）、液体保藏[矿油保藏、菌丝球生理盐水保藏、蒸馏水保藏、营养液保藏、液氮保藏（图2-12）]、孢子滤纸保藏、真空冷冻干燥保藏、液氮超低温保藏、孢子沙土管保藏、梭氏真空干燥保藏等方法。专门保藏菌种的机构为确保保藏效果，每一品种都要同时用至少三种方法保藏，即长期方法、中长期方法和短期方法。限于篇幅，不再一一介绍。下面仅针对菇农介绍常用的低温和基质保藏法及几种土法保藏方法。
图2-12 母种的液氮保藏法
（1）斜面继代低温保藏
这是一种传统的、普遍应用的简易保藏方法，它简单易行，不需特殊设备，并能随时观察所保藏菌种的情况。其缺点是转管频繁，营养生长过多，易发生退化，在操作中发生技术错误的机会多；可能会因未及时转接、培养基干缩而引起菌种老化、死亡等。
这种方法是根据低温能抑制菌丝生长的原理，将需要保藏的菌种接种在斜面培养基上，适温培养，当菌丝健壮地快长满斜面时取出，放2～5℃低温干燥处或冰箱、冰柜中保藏。每隔一定时间要移植转管、继代培养1次（一般4～5个月），具体应根据菌种特性来确定。食用菌中有的中高温和高温型品种，不适于该法，如毛木耳多数品种保藏的适宜温度在10℃左右，中华灵芝在6～10℃，草菇在10～12℃。可在草菇菌落上灌注3～4毫升的防冻剂（10%的甘油）。
用于保藏的培养基，不宜用营养过贫或过富的合成培养基，一般采用天然培养基，如马铃薯葡萄糖琼脂培养基（PDA）、马铃薯综合培养基（CPDA）等。为防止产酸，糖应少加或不加，而需添加缓冲剂，如磷酸二氢钾、磷酸氢二钾、碳酸钙等，以中和菌种在保藏过程中产生积累的有机酸。同时，每1000毫升还需加 10毫克维生素 B1，加大琼脂用量至25克，以防止培养基中水分蒸发过快。如保藏香菇和黑木耳菌种，把配方中的葡萄糖更换成麦芽糖更有利。棉塞稍长，入管内达3厘米左右，制成半高层培养基，即斜面小、短，管底1.5厘米的培养基呈柱状。
橡皮塞密封保藏：选用与试管口相应大小的白橡皮塞，清洗、晒干，放入低压聚乙烯袋内，于0.137兆帕下灭菌1小时。在无菌条件下，将培养合格的斜面菌种用无菌橡皮塞取代原棉塞，置4～6℃冰箱内保藏，保藏时间可达6个月以上。这种方法能隔绝空气，防止蒸发，达到液体石蜡相似的效果。而且放置、邮寄、携带等很方便。
注意事项：
①保藏菌种必须是发育健旺的菌种，培养时间不可过长，以免降低菌种生活力。
②制种时要贴好标签，每次移接时要细心核对菌种号及标明时间，做到准确无误，若发现错误，应立即纠正，无法确认的，剔除不要。
③定期检查保藏情况，一旦发现污染或培养基失水干缩现象，应立即移接、剔除。
④尽量少启用冰箱，以免产生冷凝水而引起污染，开启时应做到边开、边取、边关，最好设置一个永久性的保藏冰箱，与常用菌种的冰箱分开。
⑤保藏菌种在冰箱中不可过分拥挤；保藏温度控制在3～5℃，不宜过高或过低。
⑥冰箱要定期排霜，清除积水。保藏时要注意环境湿度不能太高，湿度太高，霉菌容易在棉塞上生长，并通过棉花纤维进入管内。所以，最好用橡皮塞或硅氧海绵塞代替。若用棉塞，可用干净的纸（硫酸纸、牛皮纸均可）包扎好，也能起到减少污染、延缓培养基干缩的作用。
⑦所保存的菌种在使用时，要提前12～24小时从冰箱取出，经适温培养恢复活力后，方能转管移接。
（2）自然基质保藏
即利用食用菌自然生长的培养基来保藏菌种的方法。常用的有麦粒、谷粒培养基、发酵粪草、木屑木片、麦麸米糠等基质。
①麦（谷）粒保藏 此法利用麦粒、谷粒或玉米粒（碾碎）等作为培养基，进入颗粒的菌丝体，在表皮的保护和谷粒中有限水分的供给下，保藏期可达1～2年。现以麦粒为例介绍如下：
先将麦粒洗净，用20℃左右温水浸泡5小时后捞出晾干表面的水分（或置水中煮沸5分钟至不破皮），装入试管长度的2/3～3/4，塞好棉塞，置于1.18×105帕压力下灭菌30分钟。处理后麦粒的含水量不要超过25%，灭菌过程中勿使表皮破裂，以保护进入麦粒的菌丝体。灭菌后趁热摇散麦粒，冷却后，接种孢子液或菌丝悬浮液或菌丝块，然后置25℃下培养，当试管快发满菌丝后，即停止培养，保藏在干燥冷凉处。
②木屑保藏 用阔叶树木屑、麦麸加糖和石膏各1%，混合拌匀，加适量水后，装入试管长度的2/3，稍压紧，洗净管口，塞上棉塞，用纸包好，置1.18×105帕压力下灭菌40分钟，冷却后接种，置25℃条件下培养，菌丝长满后将棉塞蜡封或换橡皮塞，再包扎塑料袋置4℃冰箱中可保藏1～2年。
（3）井底低温保藏
即利用井底具恒温且温度低的原理进行菌种保藏的方法，适用于不具备保鲜冰箱的菇农。将要保藏的试管母种，用无菌橡皮塞醮石蜡封口，装入密闭的广口瓶或塑料袋中，扎紧，沉入井底贮藏，可保藏2～5个月。
（4）石蜡封口保藏
把蜡纸裁成6～8厘米见方，放75%酒精中浸泡1分钟。将已培养好试管种的管口在酒精灯火焰上方旋转灭菌后，用镊子取出蜡纸，扎紧管口。再将包好蜡纸的管口浸入熔化的石蜡中，将蜡纸完全浸入为止，使蜡纸紧紧封包在管壁上，绝不漏气。待石蜡冷却凝固后，置冰箱或室温下保存。
（5）玻璃纸封口保藏
用明胶15克（粘合剂），硫酸铜2克，美蓝1～2滴（指示剂），溶于100毫升热水中，配制成封口剂。将新长满的母种拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口剂，贴上用95%酒精浸泡过的玻璃纸（赛珞璐），再用石蜡熔封。在室温下，菌种至少可保存8个月，并能防止霉菌或螨的侵染。在斜面注入无菌矿油（液体石蜡），可大大延长保藏时间。
（6）厩肥保藏
此法适合保藏双孢菇等草腐菌类。将腐熟牛粪等堆肥晒干、打碎，取300克干堆肥，用5毫米孔径筛过筛，加1000毫升水调湿，装入试管，占管深1/3～1/2，在0.15兆帕压力下灭菌2小时。确认无菌后，接种，菌丝长满后，放在3℃冰箱内保藏，每隔2年移植一次。在长期保藏中，如培养基失水，应将保藏菌种及时接种在琼脂斜面上进行活化，再继续保存。此法连续保藏4年后，其生产性状未出现明显变化。