迄今，HPV难于用传统的病毒培养及血清学技术检测，主要实验诊断技术是核酸杂交。
1、组织病理检查：可见角化细胞和凹空细胞。准确率80-90%。
2、抗HPV衣壳抗原的免疫组织化学检查：用HPV免疫动物后产生的多克隆抗体查组织HPV抗原。常用过氧化物酶抗过氧化物酶方法（即PAP），显示湿疣内的病毒蛋白，以证明疣损害中有病毒抗原。HPV蛋白阳性时，尖锐湿疣的浅表上皮细胞内可出现淡红色的弱阳性反应。）还有PAAP、ABC法等。在空泡细胞核内见到棕褐色颗粒状沉着为阳性；检测率低、敏感性不高、不能分型，阳性率40-60%。
3、基因诊断：
3.1、聚和酶链反应：发展的PCR方法具有特异、敏感、简便、快速等优点，为HPV检测开辟了新途径。用PCR方法检测HPV比核酸杂交方法优越。其敏感性高，GP-PCR方法中若以凝胶电泳直接分析结果，可检出标本中200个拷贝的HPVDNA，若以核酸杂交检测PCR产物，敏感性提高，能检出10个拷贝的HPVDNA。
刮板或生理盐水浸润的棉棒从阴道和宫颈外口取分泌物和细胞。在作细胞学检查的同时，将标本放入5ml含有0.05%硫柳汞的PBS中，用PBS离心（3000g，10min）洗涤2次，沉积细胞重悬于1mlPBS中，取0.5ml细胞悬液抽提DNA。
PCR检测可见特异性HPV-DNA扩增区带。鉴于PCR技术的高度敏感性，以生殖道脱落细胞为检材足以满足试验要求，避免了活检取材、研磨组织繁杂操作。一般情况下，PCR扩增产物经凝胶电泳，观察产生的DNA可直接作出诊断。因此，PCR技术检测HPV实验周期短、简便快速。不足之处为不能定位，不知病毒是否活、死。易出现假阳性。愈后相当长的时间内可持续阳性。特异性也逐渐降低。
3.2、DNA杂交法：HPVDNA分子杂交技术。如PCK法。EGFR免疫染色法。CP?14（Leu?M3）免疫染色法（荧光显微镜400倍可看到3个以上荧光点为阳性）。可以分型，核酸杂交可检出HPV-DNA相关序列，PCR检测可见特异性HPV-DNA扩增区带。但烦琐、昂贵。需要一定的设备和条件。
4、组织化学检查：取少量病损组织制成涂片，用特异抗人类乳头瘤病毒的抗体作染色。如病损中有病毒抗原，则抗原抗体结合。在过氧化物酶抗过氧化物酶（PAP）方法中，核可被染成红色。此法特异性强且较迅速，对诊断有帮助。
5、细胞学检测：用-疣体组织涂片做巴氏染色，可见两种细胞，即空泡细胞及角化细胞。可诊断。
6、局部实验法：甲苯胺蓝实验：1%甲苯胺蓝涂抹疣体或周围正常皮肤干燥后用1%醋酸脱色，仍有染色者为阳性。见于肿瘤或尖锐湿疣患者。
7、透射电镜检测：角朊细胞阳性率底。25-45%。可配合阴道镜、放大镜检查。
8、阴道镜检查：须醋酸白实验协助。只要正规医疗机构检测，一般都比较准确。
