据2015年12月学校官网信息显示，学校有国家级、省部级研究机构28个，其中国家工程研究中心1个、国家生物产业基地实验动物中心1个、教育部重点实验室3个、省部共建国家重点实验室培育基地1个、省级工程研究中心5个，省级重点实验室16个，省级人文社科基地1个。
教育部重点实验室：感染性疾病分子生物学教育部重点实验室、临床检验诊断学教育部重点实验室、儿童发育疾病研究教育部重点实验室
国家生物产业基地实验动物中心：重庆医科大学重庆国家生物产业基地实验动物中心
省级人文社科基地：医学与社会发展研究中心
国家工程研究中心：超声医学国家工程研究中心
省级工程研究中心：重庆市刑事侦查工程技术研究中心、重庆市干细胞治疗工程技术研究中心、重庆市药物工程研究中心、重庆市药效评价工程技术研究中心、重庆市啮齿类实验动物工程技术研究中心 省级重点实验室（名单不全） 脂糖代谢性疾病重庆市重点实验室感染性疾病分子生物学重庆市重点实验室临床检验诊断学重庆市重点实验室 儿童发育疾病研究重庆市重点实验室眼科学重庆市市级重点实验室认知发育与学习记忆障碍转化医学重庆市重点实验室超声医学工程重庆市市级重点实验室生物化学与分子药理学重庆市高校市级重点实验室神经病学重庆市高校市级重点实验室超声分子影像学重庆市医学重点实验室妇产科学重庆市医学重点实验室肝胆外科学重庆市医学重点实验室传染病寄生虫病重庆市医学重点实验室 十二五”期间，学校牵头承担国家科技重大专项、国家重大科研仪器研制专项、国家重大科学研究计划项目、国家重点基础研究发展计划（973计划）项目、国家高技术发展研究计划（863计划）项目、国家科技计划支撑项目、教育部新世纪优秀人才项目、国家自然科学基金项目540余项。获各类科技成果奖励110余项，其中重庆市科学技术奖、何梁何利奖等省部级以上奖励40余项。
学校独立研制的高强度聚焦超声肿瘤治疗系统（海扶刀）属世界首创，是中国第一台具有完全自主知识产权的大型医疗设备。实现产业化以来，海扶系列设备已在全国1000余家医院投入使用，出口欧盟、俄罗斯、日本、韩国、新加坡等数十个国家和地区。2011年底，学校申请的国家重大科研仪器研制专项——“球形聚焦集声系统”项目获得国家自然科学基金委员会6000万元资助。 2012年度重庆医科大学新上科研项目一览表序号项目名称起止时间项目来源经费（万元）负责人1超声波肿瘤治疗技术培训班2012科技部41.187王智彪2乙型肝炎治疗和转归相关新指标和新试剂的临床意义评价2012-2015重大专项任务189.45唐霓3脂质异常分布在NAFLD和高脂血症发病中的作用2012-2016“973”子课题275.0阮雄中4胆固醇代谢紊乱促进慢性肾脏病进展和肾纤维化的分子机制2012-2015“973”子课题115.20阮雄中5代谢性炎症在NAFLD和高脂血症发病中的作用2012-2015“973”子课题50.00陈压西6“十二五”国家科技支撑项目“中国重要心血管病患率调查”2012国家“十二五”科技支撑子课题69.64雷寒7MSM人群性行为前后服抗病毒药物预防HIV新感染研究2012-2015国家“十二五”科技重大专项任务319.56黄爱龙8云南及周边省市区传染病病原谱流行规律研究2012-2015国家“十二五”科技重大专项任务96.51黄爱龙159BMP9和WNT3A双基因调控骨髓间充质干细胞对骨折后骨不连的协同成骨作用研究2012教育部一般3.50刘渤160LXR激活在全脑缺血性脑损伤后海马神经发生的作用机制2012-2014教育部一般2.80承欧梅161早期营养过剩诱发和加重成年后非酒精性脂肪肝病形成的分子机制研究2012教育部博士点基金联合6.0肖晓秋162BKCa通道在偏头痛动物模型中的表达及其机制研究2012教育部博士点基金联合2.0谭戈163Th17/Treg失衡在肾移植慢性排斥反应中的作用及其干预研究2012教育部博士点基金联合2.0何云锋164色素上皮衍生因子通过NO-cGMP-PKG信号通路促进胰岛素抵抗2012-2014教育部博士点基金12.00李启富165Snail/E-cadherin在前体心外膜祖细胞向起搏细胞定向分化中的调控作用2012-2014教育部博士点基金12.00佘强166纳秒级高强电脉冲对卵巢癌侵袭转移的影响的实验研究2012-2014教育部博士点基金12.00胡丽娜167HBV X蛋白下调线粒体蛋白SIRT3在HBV感染诱导的氧化应激反应中的作用及机制研究2012-2014教育部博士点基金4.00陈娟168孕期MVAD对仔鼠生后突触可塑性翻译调节机制的影响2012-2014教育部博士点基金4.00张萱169Wasp基因突变对湿疹血小板减少伴免疫缺陷综合征临床表型和Treg/Th17细胞免疫功能的影响2012教育部博士点基金联合2.0张志勇170乳腺癌Bmi-1靶基因的高通量筛选2012教育部博士点基金联合2.0武向梅171手性自组装短肽对创伤中快速止血的机制探索与模型建立2012教育部博士点基金联合2.0罗忠礼172表观遗传调控的差异miRNA在乳腺癌发生中的作用及其分子机制研究2012-2014教育部博士点基金12.00宋方洲173细胞原纤毛转运蛋白80（IFT80）通过Hedgehog 信号通路调控乳腺癌细胞分化和增殖2012-2014教育部博士点基金4.00汪长东174人参皂苷Rg1延缓神经干细胞衰老与调控端粒长度与端粒酶活性的机理研究2012-2014教育部博士点基金12.00王亚平175新世纪优秀人才2013-2015教育部新世纪优秀人才25.00郭风劲176KLF14改善糖脂代谢紊乱及其分子机制的研究2012-2014教育部博士点基金12.00李伶177探索靶向Bcr-Abl Y177去磷酸化和降解的策略逆转CML细胞恶性表型2012-2014教育部博士点基金12.00冯文莉178Twist促进乳腺肿瘤干细胞聚集的关键miRNAs和细胞信号通路研究2012-2014教育部博士点基金联合12.00柳满然179特异性抑制缺失型CENP-E对实体肿瘤发生的影响2012教育部博士点基金联合6.00翁亚光180尿硫酸化胆汁酸代谢轮廓分析用于妊娠肝内胆汁淤积症的诊断和分度2012教育部博士点基金联合6.00丁敏181低强度聚集超声对子宫内膜异位症患者在位内膜细胞的粘附、侵袭、血管形成的影响2012教育部博士点基金联合6.00王智彪182受体介导与超声定位双重靶向--载姜黄素的甘草次酸表面修饰纳米粒与超声微泡复合给药系统的研究2012-2014教育部博士点基金4.00张良珂183具有类骨质孔状再生通道的承力纳米复合支架修复兔桡骨骨缺损的成骨机制研究2012-2014教育部博士点基金4.00卢旻鹏184行为经济学视角下烟草控制政策优化研究2012-1015教育部人文青年基金7.00浦科学 学术期刊 《中华肝脏病杂志》（Chinese Journal of Hepatology）是中华医学会主办、重庆医科大学第二临床学院病毒性肝炎研究所承办的全国性学术期刊。创刊于1993年6月，初刊名《肝脏病杂志》，1996年正式更名为《中华肝脏病杂志》，主要内容包括肝脏的生理、各种肝脏疾病的病原学、流行病学、病理、病理生理、免疫学、发病机理、临床诊断治疗及预防的实践经验和研究成果、以及新技术、新方法的重要进展。
《临床超声医学杂志》1988年8月创刊。1998年11月经国家科委批准为正式刊物，在中国国内外公开发行。2004年被中国科学技术部收录为“中国科技论文统计源期刊”、 “中国科技核心期刊”， 且先后加入了“中国学术期刊光盘网”、“万方数据数字化期刊网”，被“中文生物医学期刊文献数据库”、“中文科技期刊数据库”、“全国医药卫生优秀成果数据库”及“中国核心期刊（遴选）数据库”收录。
《重庆医科大学学报》由重庆医科大学主办，是中文核心、中国科技核心、CSCD遴选和中国高校优秀科技期刊。被美国化学文摘（CA）、波兰《哥白尼索引》（IC）、美国《乌利希期刊指南》、世界卫生组织《西太平洋地区医学索引》、美国《剑桥科学文摘（自然科学）》、中国知网、维普科技、万方数据等重要数据库全文收录。
《儿科药学杂志》由中国药学会医院药学专业委员会儿科药学专业组与重庆医科大学附属儿童医院联合主办。1995年创刊，2000年8月经国家新闻出版总署和科技部批准正式向国内外公开发行。已成为儿科学类核心期刊，《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊、《中国核心期刊（遴选）数据库》收录期刊，《中国学术期刊（光盘版）》和《中国期刊网》、《首席医学网》、《万方数据—数字化期刊群》全文上网，《中文科技期刊数据库》、《中文生物医学文摘文献库（CMCC）》全文收载，《中国药学文摘》、《中国药学文献数据库》和《中文科技资料目录—医药卫生》收录源期刊。
《医学教育探索》于2002年创刊，2011年正式更名为《中华医学教育探索杂志》（Chinese Journal of Medical Education Research），月刊，是由中国科学技术协会主管、中华医学会主办的医学教育专业核心期刊，主要反映中国国内外最新医学教育动态、教育教学改革成果、医学领域内的社会、心理、伦理和法律等内容。杂志已被中国科技论文统计源（中国科技核心期刊）、波兰哥白尼索引（IC）、WHO西太平洋地区医学索引（WPRIM）、美国《乌利希期刊指南》（UPD）等重要数据库收录。 馆藏资源 2013年底，学校拥有馆藏文献 149.64 万册，其中全文电子期刊 27715 种、电子图书 234929 册、其他电子资源 70469 册（件），中外数据库资源 30 余个，生均拥有纸质图书 46 册。2013 年，增加纸质图书 13.56 万册，生均年进书量超过 4 册，增加电子图书 4.06 万册、续订电子期刊 2.77 万种、增加其他电子资源 3.12 万册；纸质图书借还量 38.87 万册次，数据库访问 187.89 万人次，电子期刊全文下载 182.06 万篇，电子图书阅读使用 11.94 万本，多媒体光盘及多媒体资源利用 15.53 万次。同时建有Medline光盘数据库（含SERFILE期刊信息数据库）、维普中文科技期刊数据库、中国生物医学文献数据库（CBMdisc） 、中文生物医学期刊/会议文献数据库-CMCC/CMAC 、重医学位论文数据库、万方中国学位论文数据库（医学）等数据库。
