这要根据自己志向选择，因为每个人的志向不同，角度和观点也会不同。下面介绍二者的主要区别：
一、专业定义不同
1、水利水电工程专业
水利水电工程主要研究水资源、水工结构、水力学及流体动力学、水利工程技术等方面的基本知识和技能，进行水利水电工程的勘测、规划、设计、施工、管理等。例如：南水北调工程的规划，水电站、大坝、闸门等水工建筑物的建造，河道治理工程的设计等。
2、土木工程专业
土木工程主要研究各类土地工程设施的勘测、设计、建造、保养、维修等方面的基本知识和技术，进行各类工程建筑物的新建、改建或扩建，以及相关配套设施的勘察、规划、设计、施工等。主要工程设施包含房屋、道路、铁路、管道、隧道、桥梁、堤坝、矿井等。
二、课程体系不同
1、水利水电工程专业
《工程测量学》、《动力学》、《钢筋混凝土》、《结构动力学》、《水工建筑学》、《工程水文》、《水利工程经济学》、《水工建筑物设计》、《水电站建筑物》、《结构设计与应用》。
2、土木工程专业
《建筑施工技术》、《土木工程材料》、《建筑工程造价》、《土木工程CAD》、《材料力学》、《工程制图》、《结构力学》、《混凝土结构》、《建筑结构抗震》、《土力学》 部分高校按以下专业方向培养：结构、安全工程、房屋建筑、建筑工程、交通土建、岩土工程、注册建造师、城市地下工程、道路与桥梁工程、注册造价工程师。
三、就业方向不同
1、水利水电工程专业
工程类企业：施工、水利工程、水电工程、工程技术、工程设计、工程勘测、施工管理。
政府、事业类单位：工程监理、水利规划、水电开发。
2、土木工程专业
房地产类企业：建筑工程、结构工程、造价工程、工程测量、质量监管、工程管理、技术经理、项目经理。
政府、事业类单位：城市规划、道路施工、桥梁建设、工程检修。
以上内容参考 百度百科-水利水电工程专业、百度百科-土木工程专业