反渗透净水机是采用反渗透膜技术，它的工作原理是对水施加一定的压力，让水分子和离子态的矿物质元素可以通过反渗透膜，隔绝溶解在水中的绝大部分无机盐，还有重金属和病菌等等，从而达到纯净水和有害水分开。
超滤净水机是采用超滤膜技术。超滤是一种筛分的过程，从膜的两侧的压力差为驱动力。以超滤膜为过滤介质，在一定的压力下，当水流过膜的表面时，超滤膜表面密布的许多细小的微孔只允许水和小分子物质通过而成为透过液，而大于膜表面微孔的物质会被截流下来，成为浓缩液，从而实现原水的净化和分离的目的。
反渗透净水机的优缺点
优点：反渗透净水机能够除去水中各种有害杂质，出水的口感比较好，可以有效降低水的硬度，煮水后的容器不产生水垢。
缺点：反渗透净水机要用到水泵，需要通电，有废水，价格也会相对超滤净水机会高。
超滤净水机的优缺点
优点：超滤净水机通常都不需要泵，无废水，也不耗电，一般使用市政自来水的正常水压就行。能保留水中的矿物质和微量元素。
缺点：超滤净水机对去除水中化学污染物和水垢的效果没有纯水机强，口感一般。
两种净水器各有优缺点，并没那种是绝对的强。水机的使用根据当地水质来决定所使用的净水机。对于水质效好的水源，如市政自来水，超滤净水机就能满足日常生活需求。对于工业污染，水质难于保障的地区可以使用反渗透净水机。
滤净水器和反渗透净水器主要区别有以下三点:
(1) 反渗透膜的孔径只有超滤膜的1/100，能去除水中重金属、农药、三氯甲烷等化学污染物，超滤净水器对此则是无能为力的
(2)出水水质和卫生部门的检测标准不同，反渗透净水器出水水质也要比超滤净水器好得多。
(3)反渗透净水器是分质供水，纯水供饮用，浓水供洗涤用;而超滤净水器一般用作洗涤用水;当自来水水质很好时也可用作饮用水;
反渗透净水器的优点是:水质安全，能去除水中各种有害杂质;对供水特发事件效果较好;出水口感较好;能降低水的硬度，煮水容器不结垢。
其缺点是:用泵、耗电，有电气安全问题;接头多、水压高，故障率及漏水概率相对较高;结构复杂、价格较贵。
超滤净水器的优点是:一般不用泵、不耗电，无电气安全问题;接头少、水压低，故障率及漏水概率相对较低;结构简单、价格便宜。
超滤净水器缺点是:去除水中化学污染物效果差;对供水特发事件效果较差;出水口感稍差;不能降低水的硬度