汽车工程学院：汽车运用技术、汽车技术服务与营销、汽车检测与维修技术、汽车整形技术、汽车电子技术、汽车定损与评估六个专业。
电子信息工程学院：计算机网络技术、电子信息工程技术、应用电子技术、软件技术、动漫设计与制作、通信技术、交通安全与智能控制等七个专业。
建筑工程学院：建筑工程技术、建筑工程技术（钢结构方向）、工程造价、建筑装饰工程技术、园林工程技术、建筑工程楼宇智能化技术等专科专业及方向6个，工程管理专接本(与南京工业大学联办)本科专业1个。
路桥与港航工程学院：道路桥梁工程技术、公路监理、高等级公路维护与管理、市政工程技术、城市轨道交通工程技术、水利工程施工技术、工程造价（公路工程造价）七个专业。
运输管理学院：交通运输、物流管理、会计、市场营销等4个专业群，设有会计、会计与审计（中澳合作）、交通运营管理、公路运输与管理、港口物流、物流管理、报关与国际货运、电子商务、市场营销、连锁经营管理等10个全日制专科专业和商务管理（专接本）、会计（专接本）2个全日制本科专业。
机电工程学院：工程机械运用与维护专业、工程机械技术服务与营销专业、机电一体化技术专业（含海外本科直通车项目）、模具设计与制造专业、电气自动化技术专业等五个专业。
人文艺术系：法律事务、文秘（商务方向）和视觉传达艺术设计三个专业。
一. 基本概念
1.南京交通职业技术学院是公办全日制普通高等学校，隶属于江苏省交通运输厅。学院创办于1953年，2001年独立升格为高等职业院校。学院是江苏省高技能人才培养示范基地，是江苏交通运输职业教育集团理事长单位，是江苏省高等教育综合改革试验区建设试点院校。
2.截至2015年1月，学院占地921亩，建筑面积31.9万平方米，固定资产总值7.06亿元，教学仪器设备总值1.03亿元;设有6个教学院系，开设专业47个，有教职工616人，有全日制在校生近万人，成教在册学生4000余人。
二. 历史沿革
1953年4月，学院前身江苏省交通干部职工培训班创建，设置安品街、建邺路、九儿巷三个分部。
1955年3月，在办学地点不变的情况下，合并三个训练班，创办"江苏省交通干部职工学校"。
1956年1月，学校定名为"江苏省交通干部学校"，总部设在建邺路26号。
1964年，江苏省交通厅等联合发文，决定成立南京汽车职业学校。
1965年，江苏省交通厅整合江苏省南京汽车职业学校、江苏省南京航运职业学校，定名为"江苏省南京交通学校"，校址设在建邺路省委党校内。
1966年学校迁址南京市浦口沿江乡冯垟江苏省金陵汽车配件厂内，同年，位于镇江谏壁的江苏省汽车学校迁入。
1969年12月，学校停办。
1973年11月，经省革委会发文批准，学校复办，校址设在南京农业机械化学校内。
1996年，学院开始试办高职班。
2001年6月，学校成为江苏省政府批准的首批独立升格的高等职业技术学院。
2002年11月，省发展计划委员会同意学院在南京江宁大学城征地800亩进行新校区建设。
2005年10月，学院搬迁至江宁江宁新校区。
2005年12月，学院接受教育部高职高专人才培养工作水平评估。
2011年4月，学院的第一个省级工程研发中心"江苏省道路交通节能减排工程技术研究开发中心"成立。
2012年7月，学院与南京林业大学于在南京签署了《南京交通职业技术学院-南京林业大学高职与普通本科分段培养项目合作协议》，决定"交通运输"和"物流管理"两个专业实施"3+2"分段培养，联合培养本科层次高端技能型人才。
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