法律分析：
工程结算需要按照下面的方式来做：
(1)工程结算的前提是工程竣工验收合格。每项合同所对应的工程施工完成后，包括总包、所有分包、材料设备等，都要进行四方验收。
(2)四方验收时除签发合格证书外，还应制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经乙方、监理、甲方工程、预算人员签认。
(3)每项工程验收合格后,按合同约定及时进行工程结算，乙方汇总整理所有结算资料，上报监理及甲方。
(4)监理负责审核结算资料的完整性，资料必须完整齐备符合竣工资料的验收要求，审核结果反馈给甲方乙方。
(5)甲方预算原则上应该自己审核，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制则可以由该公司负责审核，甲方预算及工程人员配合完成结算工作。
(6)甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，重大分歧汇总上报常务副总经理解决。
(7)双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，经同意后在结算书签发书面意见。
(8)结算完成后，由乙方提出结算付款申请，预算审核后，由常务副总经理签发交财务付款。
法律依据：
《建设工程价款结算暂行办法》第十四条 工程完工后，双方应按照约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项，进行工程竣工结算。
（一）工程竣工结算方式
工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算。
（二）工程竣工结算编审
1、单位工程竣工结算由承包人编制，发包人审查；实行总承包的工程，由具体承包人编制，在总包人审查的基础上，发包人审查。
2、单项工程竣工结算或建设项目竣工总结算由总（承）包人编制，发包人可直接进行审查，也可以委托具有相应资质的工程造价咨询机构进行审查。政府投资项目，由同级财政部门审查。单项工程竣工结算或建设项目竣工总结算经发、承包人签字盖章后有效。
承包人应在合同约定期限内完成项目竣工结算编制工作，未在规定期限内完成的并且提不出正当理由延期的，责任自负。
（三）工程竣工结算审查期限
单项工程竣工后，承包人应在提交竣工验收报告的同时，向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，发包人应按以下规定时限进行核对（审查）并提出审查意见。
工程竣工结算报告金额 审查时间
1 500万元以下 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起20天
2 500万元－2000万元 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起30天
3 2000万元－5000万元 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起45天
4 5000万元以上 从接到竣工结算报告和完整的竣工结算资料之日起60天
建设项目竣工总结算在最后一个单项工程竣工结算审查确认后15天内汇总，送发包人后30天内审查完成。
（四）工程竣工价款结算
发包人收到承包人递交的竣工结算报告及完整的结算资料后，应按本办法规定的期限（合同约定有期限的，从其约定）进行核实，给予确认或者提出修改意见。发包人根据确认的竣工结算报告向承包人支付工程竣工结算价款，保留5%左右的质量保证（保修）金，待工程交付使用一年质保期到期后清算（合同另有约定的，从其约定），质保期内如有返修，发生费用应在质量保证（保修）金内扣除。
（五）索赔价款结算
发承包人未能按合同约定履行自己的各项义务或发生错误，给另一方造成经济损失的，由受损方按合同约定提出索赔，索赔金额按合同约定支付。
（六）合同以外零星项目工程价款结算
发包人要求承包人完成合同以外零星项目，承包人应在接受发包人要求的7天内就用工数量和单价、机械台班数量和单价、使用材料和金额等向发包人提出施工签证，发包人签证后施工，如发包人未签证，承包人施工后发生争议的，责任由承包人自负。
衍生问题：
工程结算有几种方式？
工程结算方式主要有以下几种：
第一种按月结算实行旬末或月中预支，月终结算，竣工后清算的方法。跨年度竣工的工程，在年终进行工程盘点，办理年度结算。
第二种竣工后一次结算建设项目或单项工程的全部建筑安装工程建设期在12个月以内，或者工程承包价值在100万元以下的，可以实行工程价款每月月中预支，竣工后一次结算。
第三种分段结算即当年开工，当年不能竣工的单项工程或单位工程，按照工程形象进度，划分不同阶段进行结算。
第四种目标结算方式即在工程合同中，将承包工程的内容分解成不同的控制界面，以业主验收控制界面作为支付工程款的前提条件。
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