利用微生物发酵生产我们需要的产品，古已有之。3000年前，
两河流域就有了用大麦经微生物发酵生产的含酒精饮料，类似于现在的啤酒。我国也在2000多年前，利用微生物生产了酒类、酱油、醋等产品。此后，酸菜、腐乳、酸奶等也出现了。到了近现代，随着对微生物认知程度的提高，微生物发酵为我们提供了更多的产品。
在饮料中，有啤酒、白酒、黄酒、葡萄酒、果酒等。
在食品中，有酸菜、腐乳、酸奶、酱油、醋、味精等。
在化工中，有
氨基酸、有机酸、淀粉酶、蛋白酶、木聚糖酶、脂肪酶、
乙醇、乙醛、乙酸、丙醇、
丙酮、丁醇、甲烷（就是沼气）、核苷酸……等等。
微生物在医药方面的应用属于现代生物技术。最早是
青霉素，此后，各种抗生素层出不穷，多数是用放线菌生产的。还有
维生素C、维生素E等。现在，利用单克隆抗体生产的干扰素产品也已应用于临床。用于基因重组技术，将其它生物的基因导入微生物体内，已生产出了很多原来产量低、提取不易的药物，如紫杉醇等。
总之，微生物的工业化应用技术是当今发展最快、前景最好的产业之一。