首先，现在乙肝病毒携带者是可以结婚的！肯定能结的！
其次，女方去做体检时，婚检处（一般都是在妇幼保健站做，因为那边有专门反馈给部队的婚检表）会有专门反馈给部队的体检表，上面会写明一切正常或是哪些疾病。如果是啥艾滋类的那种，会写明不宜结婚，但乙肝病毒携带者是可以结的，所以医生不会写不宜结婚的言词，但有可能会在婚检表上注明你是乙肝病毒携带者。
部队收到后，既然上面未写不能结婚，自然也不会阻拦，因为本身这个东西是在允许结婚的范围之内。
所以，不要担心。
当然，如果有婚检处有熟人，完全可以不体检就弄张反馈到部队的婚检表，让那边盖个章，随便写些一切正常就行了。
只不过，你老公一定要打疫苗的，好像要打满三次。
参考资料：同为军嫂，刚办好相关手续