淋巴瘤分为霍奇金氏病及非霍奇金病两大类，多数霍奇金病经过常规化疗后可完全缓解以至治愈，约20%～50%的患者不能完全缓解或缓解后复发。此类患者如不进行有效的救治，预后极差。复发后用原方案治疗，其有效率在20%以下，5年无病存活率（DFS)<10%。多次复发及耐药者，疗效更差。以大剂量化疗加自体造血干细胞移植可显著改善生存率。
国外的研究者们对40例复发难治的HD进行了分组，其中20例用普通剂量的EAMB化疗方案治疗，另外20例用大剂量BEAM加自体造血干细胞移植，3年无病存活率移植组为53%，非移植组仅10%。故霍奇金病一旦复发，不论其第1次完全缓解期的长短，均应对患者采用大剂化疗加自体造血干细胞移植术进行治疗。
非霍奇金淋巴瘤(NHL）对一线治疗反应不良或复发的中、高恶度NHL患者，用普通治疗方案其有效率可达20%～60%，但不能持续完全缓解，2年存活率<5%，自体造血干细胞移植则可明显提高此类患者的长期存活率。疗效与移植时患者病情轻重相关。欧洲自体造血干细胞移植登记处于20世纪80年代末，统计了596例NHL患者移植后的无病生存率，其统计结果显示，移植时处于第1次完全缓解、第2次缓解、非耐药复发、耐药复发和原发耐药状态的DFS分别为67%，47%，29%，17%，18%。由于耐药复发患者的长期存活率差，故目前一致认为在常规治疗只取得部分缓解或复发的NHL，应及时做自体造血干细胞移植治疗，不要延迟到发生耐药时再做。
而对中、高度恶性NHL是否应在第一次完全缓解期做自体造血干细胞移植治疗问题，目前的意见不完全一致。不少学者倾向于凡有不良预后因素的高危NHL也应早做自体造血干细胞移植（ABMT)，其3～5年的无病生存率可达75%，复发率仅15%。
处于初次完全缓解期的患者一般状况良好，故移植相关死亡率明显低于晚期患者，又因瘤细胞尚未耐药，移植后的复发率也就低了。低度NHL患者的病程长达7～10年，故可少用自体造血干细胞移植治疗。但如果完全缓解或部分缓解期短于1年，其中位生存期只有2.4年，向中、高恶度转化者其预后更差。此类患者亦需行自体造血干细胞移植。