西安交通大学和中国科学院都是我国著名的大学或科研机构，能够去他们之间任何一个地方攻读博士，对于很多人来说，都是非常向往的一种选择。如果非要在二者之间，做出选择的话，个人觉得应该理性对待，不能一刀切地看问题。
第一、综合情况分析
（一）西安交通大学
西安交通大学作为我国著名的985大学，曾经是C9高校联盟成员之一，是一所以工科为特色的重点大学。西安交通拥有很多优势工科专业，譬如动力工程及工程热物理、电气工程等，都是全国最强的，学科评估结果也是A+。当然，西安交通大学其它工科、理科，甚至部分文科类专业，同样实力不凡。学科评估中，14个专业被评为A类，在全国范围内也是名列前茅。
（二）中国科学院
中国科学院是一个庞大的科研系统，论综合科研能力，在国内绝对是最强的，是国内其它大学无法比拟的。中国科学院下属有很多科研院所，分布在各个领域。甚至中国科学技术大学这所著名的985大学都是它的下属单位。当然，我们一般说去中科院读博士，是没有包括中国科学技术大学的。
但，说实话，中国科学院科研能力也是有所侧重的，重点是在基础科研领域，也就是大家平时常说的理学类，譬如数学、物理、化学、生物、天文、地理、大气等，在这些领域内，中国科学院都是非常权威，也是极具实力。
当然，中国科学院下属研究所里，也有类似电工所、电子所、计算机所这些偏工科的研究所，还有动物学、植物所（园）等这些偏农学类的单位，这些单位的科研实力同样非常强大。
第二、读博选择建议
如果对西安交通大学和中国科学院系统有着比较清晰的认识，那么，选择哪个地方读博士显然非常清晰了。个人建议如下：
（一）所学专业正好是西安交通大学的王牌专业，譬如电气工程类、动力工程及工程热物理等，个人建议选择西安交通大学攻读博士，这个毫无疑问，毕竟西安交通大学在这些专业领域，在国内甚至世界上都是极具声望，专业上的师资力量也是非常雄厚，拥有多名院士。读博士，显然导师实力非常重要，这不但决定着读书期间的科研水平提升，甚至未来就业以及未来科研路上，都有影响。
（二）其它类专业，同等情况下，个人建议选择中国科学院下属研究所攻读博士，而且最好选择在北京的研究所就读。理由也比较简单和现实：
（一）整体实力和名气上，中国科学院系统还是要比西安交通大学略强一些，特别读到博士这个层次，平台越高，未来可以走的路可能更宽。
（二）师资力量上，中国科学院系统整体上也是要略强于西安交通大学，基本上每个研究所都有院士，而且可能还不只一两名院士，各类专业领域的研究员也很多。更重要的是，中国科学院研究所里的老师基本上是来自清华大学、北京大学、中国科学院系统，基本上也都有国外工作经历。
（三）资源更丰富，中国科学院下属各类研究所能够享有的资源，是很多大学不能比拟的，他们既能承接国家各类基金项目，同时中国科学院系统自己每年也会安排很多项目资金扶持。特别是一些基础科研领域，中国科学院系统承担的都是国家重大或特大项目。
还有一点，中国科学院系统与国外各大名校交流的机会非常多，各类国际学术会议也是多如牛毛。这对于一名博士生来说，既能接触到国际上各类行业大拿，也能有机会增长视野、接触到更多最前沿的知识和技术。
以上纯属个人建议。不知道如果是你们，会作何选择？欢迎交流。