不同：副科级是“领导职务”，是所在单位（部门）的领导成员，副主任科员是“非领导职务”，虽然相当于副科级，但它不是单位（部门）的领导成员。
1、副主任科员是中国公务员职务的一种，其属于综合管理类非领导职务序列，副主任科员的级别相当于领导职务的副科长（副乡长、副镇长）。
任职条件：副主任科员应具备中专、高中以上文化程度。中共中央组织部、人力资源和社会保障部印发的《新录用公务员任职定级规定》第四条规定：“（一）直接从各类学校毕业生中录用的、没有工作经历的公务员：“获得硕士学位的研究生，任命为副主任科员，定为二十四级。”
升职条件：提升主任科员，一般要求任副科级职务三年以上。
2、公务员职务分为领导职务和非领导职务。领导职务层次分为：国家级正职、国家级副职、省部级正职、省部级副职、厅局级正职、厅局级副职、县处级正职、县处级副职、乡科级正职、乡科级副职。非领导职务层次在厅局级以下设置。
综合管理类的领导职务根据宪法、有关法律、职务层次和机构规格设置确定。综合管理类的非领导职务分为：巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员。综合管理类以外其他职位类别公务员的职务序列，根据公务法由国家另行规定。