厦门站目前主要接发南昌铁路局管内动车（福建省内方向、江西方向）和少数跨局动车（目前有8对厦门-深圳北动车以及厦门-杭州东G车、D车各1对），跨局动车几乎全部安排在厦门北站始发终到。厦门站扩建后为5台9线（8站台面、8到发线、1折返线），规模不及厦门北站的6台12线（10站台面、10到发线、2越行正线，厦门站的高架候车室面积也小于厦门北站），而且还要接发11对普速列车，此外厦门岛内段铁路限速严重（杏林至厦门段为鹰厦既有线改造，与普速列车并行）。不过，技术上的原因可能还是其次，2014年厦门站改造前不过3台5线的规模，进岛铁路还未进行CTCS-2级信号系统改造（故而此前G车无法进厦门站），但当时尚有一定数量的沿海线动车进厦门站，也许更大的原因是几年后的现在乘客已经慢慢适应了岛外的厦门北站，于是借着厦门站为期一年多的封闭改造的契机把更多的车次安排去了厦门北站。
（未来可能的情况：
计划在厦门北动车运用所附近增建客车技术整备所和机务折返所，同时延长厦门北站站台到发线长度，拆除岛内的客技站改为动车组存车线，普速列车将来迁至岛外厦门北站，厦门站更多接发动车组列车。
福厦客运专线计划在厦门北站北侧增建6台12线客专场以及新站房，同时通过联络线接入福厦线，福厦客专部分列车可由此线进入厦门站。）
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