医保电子凭证的作用有：安全性高，医保电子凭证是通过实名认证和实人认证进行双重认证的，有数据加密传输；方便快捷，医保电子凭证可以通过医保APP、微信、支付宝等经医保局认证授权的第三方平台进行激活使用；功能丰富，使用医保电子凭证可以进行医保查询、参保登记以及报销支付等业务。
《中华人民共和国社会保险法》第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。 《中华人民共和国社会保险法》第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。 社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。