两者的区别:
1.历史是不同的。
南京博物院是中国最早的博物馆之一，是一座大型综合性省级历史艺术博物馆，其前身是1933年蔡元培发起成立的国立中央博物馆(即国民政府时期的中央博物馆)筹备处。
南京博物馆，它的正式名称应该是“南京博物馆”。其前身是解放初期成立的南京市文物保护委员会，1978年更名为“南京博物院”。
2.不同的级别和大小。
南京博物院是国家级博物馆，是仅次于北京故宫博物院的全国第二大博物馆，全国重点文物保护单位。
南京博物院是南京综合性历史艺术博物馆，江南最大的古建筑群，江苏省重点文物保护单位。
3.地址不一样。
南京博物院位于南京城东中山门中山路321号，占地约13万平方米。
南京博物馆位于朝天宫4号。
4.不同系列。
南京博物院各类藏品42万余件(套)，居全国前三，从旧石器时代到现在；既有全国性的，也有地域性的；不仅有宫廷传世品，还有考古发掘品，还有一部分是社会收藏和捐赠的。它们是历代的瑰宝，引起了国内外学术界的关注。
青铜、玉器、陶瓷、金银器皿、竹木牛角、漆器、丝绸刺绣、字画、印章、铭文、雕像等。都有，每个品种都有自己的历史系列。
南京博物院的藏品相对较少，藏品更多与南京的历史有关。
5.票价不一样。
南京博物院免费，南京博物院需要20元起的门票。
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