神舟六号发射成功是在2005年10月12日。
“神舟六号”载人飞船的科学任务是中国实现两人飞船发射和安全运行，进行地球表面骨细胞、心脏医学、数字照片及测试飞船等科学实验。“神舟六号”载人飞船上新增加了地球观测仪器等40余台设备和6个软件，使飞船的设备达到600余台，软件82个，元器件10万余件。
飞船上放置了盛有搏动的心肌细胞和贴壁伸展的成骨细胞的24个细胞培养盒，航天员和地面工作人员同步对两份相同的活体细胞进行一系列的科学对比实验，研究空间环境影响心脏和骨骼的细胞分子机理，并通过空间实时飞行验证放置在细胞培养液中、地面筛选出药物的防护效果。
航天员分三个时段操作24个样品盒，操作时，航天员将把细胞培养带放置在腿上，按不同时段，挤破分别装着激活剂与固定剂的两种胶囊，激活或固定活体细胞，考察在飞船入轨前与入轨后不同重力条件下细胞样品的状态与变化。
神六的改进：
1、围绕两人多天飞行任务的改进。首先，准备了足量甚至余量的航天员消耗品，包括食品、水、睡袋等。食品柜置于轨道舱中，以前处于空置状态。按照每人每天一个半暖壶的用水量，通过水箱和单独的软包装两种方式准备了航天员用水。
其次，提高了座舱的环境控制能力。一人一天呼出近一升水，神舟六号提高了对水汽冷凝的能力，扩大了冷凝水箱，把所有裸露管线都贴上了吸水材料，确保飞船湿度控制在80%以下。舱内的氧气、温度和湿度都可自动感应并调节。
2、轨道舱功能使用方面的改进。放置了很多航天员生活的必需品，如食品加热装置和餐具等。轨道舱中挂有一个睡袋，供两名航天员轮流休息用。失重状态下人其实可以浮在空中睡觉，但考虑到人在地面养成的习惯，所以通过睡袋人为地制造一种“床”的感觉，否则航天员睡觉时可能会产生坠入万丈深渊的错觉。
轨道舱中还有一个专门的清洁用品柜，航天员可以用里面的湿巾等物品进行清洁。大小便收集装置这次也是首次使用。
3、提高航天员安全性的改进。返回舱中航天员的坐椅设计了着陆缓冲功能，这是为了在反推火箭发生故障时依然能够保证航天员安全。神舟五号飞船里只有杨利伟乘坐的那个坐椅有着陆缓冲功能，并且有个小的缺陷，就是返回前坐椅提升后航天员难以看到舷窗外的情况。
神舟六号对缓冲器进行了重新设计，并与整船结合进行了反复试验，从高塔、飞机上抛下的3次试验每次均获得了成功。返回舱与轨道舱之间的舱门，如果在返回时关闭不严，将威胁航天员安全。俄罗斯曾经有3名航天员因此而丧生。
神舟六号科研人员研制成功了舱门密闭快速自动检测装置，并花费了数月时间研制出一种专用抹布，这种布不产生纤维、静电、异味，专门用来清洁舱门。
4、持续性改进。中国载人航天工程于1992年正式启动，至今已经过去了13年，飞船上最初使用的元器件和原材料有的已经不再生产，个别技术已经稍显落伍。神舟六号做了一些日常的持续性改进。
比如神舟一号到五号上的“黑匣子”，是1994年研制的，存储容量只有10兆字节。当前的黑匣子不仅存储量比原来大了100倍，而且数据的写入和读出速度也提高了10倍以上，体积却不到原来的一半。