一、灵活就业人员的常驻地
如果该灵活就业人员主要在市级医疗机构进行就医治疗，那么最好选择职工医保。因为在市级地区，职工医保的报销比例较大，且职工医保的报销范围和可报销的医疗机构较多，适合在市级医疗机构频繁活动的灵活就业人员。如果主要在乡镇医疗机构进行就医，可以选择参保新农合，新农合在此类医疗机构级别相对较低的地方拥有较高的报销比例。此外，参保新农合的灵活就业人员需要注意所就医的医疗机构是否属于当地新农合的报销点。
二、医保待遇
若灵活就业人员想要更好的医保待遇，可选择参保职工医保。因为职工医保的整体待遇要优于新农合。职工医保参保人在满足相应的缴纳年限后，可以在退休后不缴费也可享受相应的医保待遇，并且每月还有一定的医药费补助发放。在日常缴纳过程中，职工医保比新农合多出一个个人医保账户。参保人每月缴纳的医保费属于个人部分会汇入该个人医保账户，参保人可以使用该账户进行门诊费的支付和药品的购买。而新农合的参保人则需要一直缴纳保费，保障期限为一年。没有退休医保待遇也没有个人医保账户。
三、资金稳定性
灵活就业人员选择购买职工医保还是新农合，还取决于参保人的资金稳定性。因为职工医保不能轻易断交，断交次月就无法使用医保报销功能，断交三个月前缴纳的年限会被清零。并且职工医保需要每月缴纳一次，缴纳的费用也较多，因此对灵活就业人员的资金稳定性有一定要求。然而，新农合没有缴纳年限的要求，也就没有断交的说法。参保人可以根据自己的经济情况决定是否要继续缴纳，每年只需缴纳一次，对参保人的资金稳定性并无特别要求。
综上，灵活就业人员在购买医保还是新农合时，需要根据自己的实际情况进行判断和选择。