日军统治时期，淮南的煤炭资源遭到掠夺性的开采和破坏。据统计，1938年6月至1945年9月，日军共掠取煤炭429万余吨，而断毁丢弃的煤炭资源竟达800余万吨。
1945年日本投降后，宋子文的建设银公司不仅接收了淮南煤矿和淮南铁路，后来还兼并了大通煤矿，恢复了战前的名称淮南矿路股份有限公司，宋子文的建设银公司握有2/3以上的股权。
淮南煤矿恢复生产后，宋子文又从善后总署调来大批的发电机、绞车、锅炉等设备，提高了煤矿的生产能力，产煤量不断增加。1945年10月产煤8381吨，12月就增为26511吨，到1946年12月月产煤达62046吨。1946年产煤41万吨，1947年产煤83万吨，1948年产煤121万吨。
1946年开始，宋子文又决定投资在淮南建设新矿，请资源委员会矿产测勘处长、地质学家谢家荣负责地质勘探，发现了八公山新煤田，认为储藏量约有4亿吨，并进一步测定整个淮南盆地是一个大煤田。次年在八公山下新庄孜开了一座矿井，当年12月日产煤200吨。
兼并大通矿后组建的淮南矿路股份有限公司，公司总部设在上海，董事长霍亚民、总经理程文勋、协理徐韦曼。下设总务、材料、会计等处。在淮南的九龙岗设有煤矿局、铁路局、警察总所、电厂、面粉厂、煤球厂、地产处等。并在南京设有营运处，在蚌埠、田家庵等地分设营运所。
淮南煤矿局专负煤炭生产之责，下设秘书室、采购室、矿务处、惠工处、会计处等处室，视工作需要再分置各课，以便分层负责业务管理。另外，煤矿局还设有1所医院，在大通等地设有分院及诊疗所。该局拥有3个矿场；原大通煤矿及分矿为第一矿场；原淮南煤矿西井及分矿为第二矿场；原淮南煤矿东井为第三矿场。八公山新矿设八公山工程处。全局拥有职员500余人，工人1万余人。另还办有5所中小学，学生3000余人。
人民解放军发动的淮海战役取得决定性胜利后，国民党军刘汝明部开进淮南，还运进1车皮炸药（30吨），企图破坏淮南煤矿。中共地下党组织发动淮南煤矿的工人、职员及矿警，展开了英勇的斗争，彻底粉碎了国民党破坏矿山及企图将机器物资拆运台湾的阴谋，保护了矿山、机器。1949年1月18日拂晓，人民解放军浩浩荡荡地开进了淮南矿区，整个煤矿完好无损地回到了人民的手中。3月初，淮南煤矿全面复工。3月底，淮南煤矿局正式成立。此后，淮南煤矿快速发展，成为我国重要的煤炭生产建设基地。
淮南煤矿富的煤炭资源，地处华东腹地，接近沪、宁，交通便利，战略地位十分重要。日军强占淮南煤矿以后，就疯狂掠夺煤炭资源，采用“以人换煤”的罪恶手段，残酷榨取工人血汗。在日本法西斯的统治期间，广大矿工横遭蹂躏，受尽欺凌，数以万计的矿工和人民死于非命，淮南煤矿成了一座人间地狱。这是日本军国主义欠中国人民的又一笔血债。
疯狂掠夺
日本帝国主义为了推行“以战养战”的阴谋，在侵占淮南以后，就立即开始掠夺淮南的煤炭。1938年6月29日，日军特务部淮南炭田调查队来淮南煤矿进行第一次调查。8月25日，日本铁道省调查团、三井及三菱调查班等，以一个月的时间对淮南煤矿又作了详细调查。9月21日，大通煤矿交给日本垄断集团三菱饭冢炭矿经营，淮南煤矿局（九龙岗矿）交给三井矿业公司经营，是年11月27日，日寇开始掠夺开采。1939年4月21日，日本兴亚院在华联络部将两矿合并改为“日华合办淮南煤炭股份有限公司”，该公司直接在日本侵华军军部控制之下。总公司设在上海，并在淮南设立“淮南矿业所”，所长川口忠，大通矿长进上诚，九尤岗矿长藤义魂。他们入侵后，对我国工矿企业派进日本兵把守，由日本人控制，挂一块“台办”的牌子。就算是“合办”的“股份有限公司”了。“日华合办淮南煤炭股份有限公司”也是如此。他们将我国大通煤矿和淮南煤矿局合并，加进日本的中支那振兴株式会社、三井矿业株式会社、三菱矿业株式会社、华中矿业株式会社四家企业的名字。这就是“日华合办淮南煤炭股份有限公司”。
日寇为加强对淮南煤矿的控制和掠夺，在煤矿推行血腥的法西斯统治。