2020年武汉当时疫情确诊50333例，死亡3869例。
2019年12月31日上午，国家卫健委专家组抵达武汉，展开相关检测核实工作。调查发现，该次肺炎病例大部分为华南海鲜城经营户。
2020年1月1日，武汉市江汉区市场监督管理局、武汉市江汉区卫生健康局发出“关于休市整治的公告”。对华南海鲜批发市场采取休市措施，并对全市公共场所，特别是农贸市场进一步加强防病指导和环境卫生管理。
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2022年1月5日晚，武汉市卫健委通报，流行病学调查显示，部分患者为武汉市华南海鲜城（华南海鲜批发市场）经营户。初步调查表明，未发现明确的人传人证据，未发现医务人员感染。已排除流感、禽流感、腺病毒、传染性非典型肺炎（SARS）和中东呼吸综合征（MERS）等呼吸道病原。病原鉴定和病因溯源工作仍在进一步进行中。
1月7日21时，实验室检出一种新型冠状病毒，获得该病毒的全基因组序列，经核酸检测方法共检出新型冠状病毒阳性结果15例，从1例阳性病人样本中分离出该病毒，电镜下呈现典型的冠状病毒形态。专家组认为，本次不明原因的病毒性肺炎病例的病原体初步判定为新型冠状病毒。
1月10日24时，已完成病原核酸检测。国家、省市专家组对收入医院观察、治疗的患者临床表现、流行病学史、实验室检测结果等进行综合研判，初步诊断有新型冠状病毒感染的肺炎病例41例，其中已出院2例、重症7例、死亡1例，其余患者病情稳定。所有密切接触者739人，其中医务人员419人，均已接受医学观察，没有发现相关病例。
中国网4月17日讯 武汉市新冠肺炎疫情防控指挥部今日发布关于武汉市新冠肺炎确诊病例数确诊病例死亡数订正情况的通报以下通报称，截至4月16日24时，武汉市确诊病例核增325例，确诊病例的死亡病例核增1290例，累计确诊病例数订正为50333例，累计确诊病例的死亡数订正为3869例。通报指出，出现以上数据差异是由于疫情早期患者数量持续增加，医护人员力量不足且救治压力巨大，客观上存在迟报、漏报和误报现象，直到军队、全国各地援汉医疗队驰援后，该问题逐步得到化解。
内容扩展
通报指出，本着对历史负责、对人民负责、对逝者负责的原则，为确保全市新冠肺炎疫情信息公开透明、数据准确，武汉市新冠肺炎疫情防控指挥部专门成立涉疫大数据与流行病学调查组，组织市卫健、疾控、公安、民政、司法、统计等部门。
线上对武汉市疫情防控大数据信息系统、市殡葬信息系统、市医政医管新冠肺炎信息系统、市新冠肺炎病毒核酸检测系统中的病例进行线上比对、去重、补全，线下按照全覆盖、无遗漏要求，对所有涉疫地点数据进行全采集。
包括发热门诊、医院、方舱、隔离点、涉疫社区，以及公安、司法、民政等部门管辖的监所、养老机构等特殊场所，对所有病例个人信息全采集，通过医疗机构、街道社区、基层派出所、患者所在单位及家属，逐人排查核对。
数据差异原因还包括疫情早期核酸检测和收治能力严重不足，随着建院增床工作开展和先后开展2轮大排查，到2月20日，定点医院由2家增加到48家，新建方舱医院16家，初步实现了应收尽收，2月20日之前，由于医院床位不够，有些确诊病人未能及时到医院治疗死亡未上报疫情早期少数医疗机构未能与疾病预防控制信息系统对接。
参与收治患者的医疗机构不断增多，既有部属、省属、市属和区属医院，也有企业、民营医院和方舱医院等，疫情信息报送工作未同步跟上医疗机构扩容收治的进度，此外，还存在公共卫生统计体系不完善问题。
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