主要区别是，性质不同、功效特点不同、应用不同，具体如下：
一、性质不同
1、氨糖软骨素
氨糖软骨素（氨糖），氨基葡萄糖的别称，是一种天然的氨基单糖。
2、鲨鱼软骨素
鲨鱼硫酸软骨素是从鲨鱼软骨组织中提取制备的酸性粘多糖类物质。
二、功效特点不同
1、氨糖软骨素
①、促进软骨再生，修复损伤的关节软骨，使软骨面变得平滑、厚实有弹性，恢复关节正常的生理和运动功能。
②、补充关节滑液，润滑关节软骨表面，减少骨关节间的磨擦及震动，从而减缓软骨退化。
③、抑制各种破坏软骨的酶的活性，清除关节腔里的有害物质，减轻软骨和周围软组织损伤。
④、骨钙等矿物质的“固定剂”，保持骨骼代谢的平衡，防止钙、锌等无机物的流失，预防骨质疏松。
⑤、提高关节和机体免疫能力，防止关节中有机质代谢失衡引起有害因子增多损伤关节软骨及周围软组织；防止软骨组织退化引发的各种疾病及症状（如腰酸腿软、关节炎等）。
2、鲨鱼软骨素
①、激活体内抗体的生产，活化淋巴巨噬细胞，增强机体免疫力，延缓衰老。
②、减少关节发炎，缓解疼痛，如骨关节炎、风湿性关节炎、骨质增生、腰椎间盘突出等。
③、活化人体结缔组织及细胞，保养和修复软骨组织，预防关节软骨退化。
④、补充钙质，预防骨质疏松症，有效改善中老年腰腿痛、关节炎、肩周炎等。
⑤、维持角膜透明度，保持晶体和角膜正常功能的作用，对于白内障、老花眼、视力障碍有改善。
三、应用不同
1、氨糖软骨素
应用领域：结缔组织、皮肤组织。
2、鲨鱼软骨素
适用症：关节类疾病。
参考资料来源：百度百科-氨糖软骨素
参考资料来源：百度百科-鲨鱼软骨素
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