在东南亚，日本把自己打扮成“亚洲人的解放者”，标榜战争的目的是“赶走西方殖民者”，追求大东亚的“共存共荣”。然而，事实上日本在这里同样实行残暴的殖民统治。在缅甸，1942年8月1日，巴莫在日本扶持下建立傀儡政权——“行政委员会”，一切群众性的民主组织均被取缔，民众稍有不满即受严刑拷打，甚至处死。“缅甸独立军”遭到解散，代之以“国民军”，实则是日军控制下的傀儡军。日本在缅甸共设警署334个，警察15968人，警察机构得到加强。除此之外，日本还建立了间谍和告密系统。1943年8月1日，缅甸宣布“独立”，日本顾问操纵一切，成为“太上皇”。他们驾驭于政府各部门之上，没有他们的同意和参与，任何微小的政策和措施都通不过。在马来亚，日本依靠当地封建势力与统治机构的合作去镇压农民、洗劫城市。日军大肆屠杀抗日民众和无辜人士。新加坡在1942年2月的“大验证”中，就有2。5万人被杀于海滩上；3年之内，竟有10万马来亚人惨遭杀害。日军还大肆屠杀当地华人，仅新加坡就有7万华人被逮捕和审问，5000华人被监禁，许多华人被当作练刺杀的活靶子，骇人听闻地遭处决。新加坡还被改名为“昭南市”，作为日本统治东南亚的政治、军事中心。日本将荷属东印度划分为3部分：第16集团军驻守爪哇和马都拉；第25集团军驻守苏门答腊；其余地区由海军管辖。各地设军政府进行统治，取缔进步组织，禁止一切政治活动，镇压抗日人士。在加里曼丹，日军一次就处死2万人。日本在菲律宾实行法西斯的恐怖专政，规定“任何企图伤害日兵和日本平民的行动”，都以枪毙10个菲律宾人来报复；日本还在菲律宾加强警察制度，城乡都建立了“邻组制度”，“任何违反日军利益的行为”和一切“不合作者”，都受到严惩。日军统治期间，菲律宾人战死和被屠杀者共111万人，财富损失(包括死亡人口折合值)共160亿比索，约合80亿美元。