1861年4月18日，在战争前夕，经由马里兰州共和党人法兰西斯布莱尔(Francis P. Blair)在其子蒙哥马里布莱尔(Montgomery Blair)－林肯的邮政局长－位于华盛顿的住处调解下，林肯总统透过国防部长赛蒙·卡美容(Simon Cameron)提议由李指挥联邦军。李在情感上反对南方脱离，并曾于1861年在信中猛烈抨击为“完全是一场革命”，背叛开国先烈。然而他因效忠于出生地，维吉尼亚，而加入联盟国。
战争爆发时李奉派指挥维吉尼亚境内一切武装力量，后成为联盟国军初始的五名上将之一。然而李尊崇自己合众国上校的军阶，拒绝佩戴联盟国将军徽章。他仅愿佩戴联盟国上校的三星章，而要等到战争胜利后方在承平时期升为联盟国将军。
在指挥维吉尼亚西部的联盟国军，并负责卡罗莱纳海岸防务后，他成为美利坚联盟国总统杰佛逊·戴维斯的军事顾问。两人在西点军校即相互认识。
北维吉尼亚军团司令
在约瑟夫·强森(Joseph E. Johnston)将军在1862年6月1日于七松之役(Battle of Seven Pines)负伤后，李继任北维吉尼亚军团司令，获得第一个领兵作战的机会，他迅即发动了一连串的攻势。在七日战役中，他面对由乔治·麦克连能(George B. McClellan)率领，威胁首都维吉尼亚里奇蒙的联邦军。联盟国部队因李将军的攻击行动而伤亡惨重，并因李将军部下执行战术时的无能而受损。但他的积极行动挫败了麦克连能。在麦克连能撤退后，李将军在第二次牛奔战役(Second Battle of Bull Run)中击败另一支联邦军队。他后来入侵马里兰，企图重新补给军需，并尽可能的影响北方不利于战争结束的选举结果。麦克连能因截获一份南军所遗落的军令而得知李将军的计划，并在南军得以集结之前增援优势兵力至安提耶坦。在那血腥的一日中，李将军抵挡住了北军的攻击，但不得不撤回维吉尼亚。
因对麦克连能无法摧毁李将军部队而感到失望，林肯总统任命安伯洛斯·本赛(Ambrose Burnside)为波多马克军团司令。本赛下令渡过拉帕罕诺克(Rappahannock)溪发动弗雷德里克斯堡战役(Battle of Fredericksburg)。其部队因搭桥渡河而延迟，让李将军的部队有充分的时间组织坚强的防御。1862年12月12日的攻击行动对联邦军而言是一场灾难。林肯其后又任命约瑟夫·胡克为波多马克军团司令。胡克在1863年五月推进至维吉尼亚的钱瑟勒斯维尔战役。其部队遭李将军及汤玛斯·杰克森将军以大胆的行动分割为数段，且侧翼受攻，因而挫败。对联盟国而言，此战为以寡击众的重大胜利，但代价沉重：杰克森将军－李将军最重要的部属－伤重不治，为国捐躯。李将军听闻噩耗，叹道：‘我右臂已断。’
1863年，李将军再度著手攻略北方，期望南军的胜利可迫使联邦承认联盟国的独立地位。他企图在宾夕法尼亚的盖茨堡击败乔治·米德所率领的联邦军，却无法达成。他的部属未能以他所预期的魄力积极进攻，史都华(J.E.B. Stuart)的骑兵队又远在战场之外，而李将军决定对联邦军战线中点发动大规模正面攻击－即灾难性的皮克特冲锋(Pickett's Charge)－导致惨重的伤亡。一如安提耶坦之战，李将军被迫后撤，但未受有力的追击。在这场失败后，李将军于1863年8月8日向联盟国的戴维斯总统书面请辞遭拒。
1864年，新任的联邦军总司令尤里西斯·格兰特企图摧毁李将军的部队并进占里奇蒙。李将军率其部队抵挡住其两项企图的进展，但格兰特以其优势的增援武力逐次逐步的向东南方持续推进。连串战役发生于欧华连(Overland )、史波特斯凡尼亚法院(Spotsylvania Court House)、冷港(Cold Harbor)。格兰特最终令其部队暗渡詹姆士河而骗过李将军。在抵挡联邦军进占彼德斯堡(Petersburg)－里奇蒙铁路补给在线的心脏地带－的企图后，李将军的部队在彼德斯堡被围，并竭力掘壕自卫。他企图打破僵局，派遣具伯·尔利(Jubal A. Early)经审南多亚溪谷(Shenandoah Valley)袭击华盛顿，但尔利败于菲利普·舍利丹(Philip Sheridan)的优势军力之下。彼德斯堡之围自1864年持续至1865年6月。
总司令
1865年6月31日，李将军升任为联盟国武装力量总司令。1865年初，他力促通过让黑奴加入联盟国军以换取自由的构想。该构想在联盟国败亡前的短暂期间内未有结果。
在联盟国军因持续数月的战役而筋疲力竭之后，一支联邦军成功的于1865年4月2日攻下彼德斯堡。李将军放弃防守里奇蒙，并企图与约瑟夫强生(Joseph Johnston)将军在北卡罗莱那的部队会师。其所部为联邦军所围困，于1865年4月9日于阿波马托克斯法院投降。若干部下(间接由戴维斯总统指示)提议拒降以让部份小单位渗透出包围圈外，并进入山区以进行长期的游击战，为李将军所拒。
战后
战争结束之后，李将军曾官方申请战后特赦，但未曾获淮。申请书送出后上呈至国务卿威廉西渥(William H. Seward)的桌上，他以为是旁人将事情完成后呈送的副本而将之归档，数十年后方于其抽屉中再度发现。李将军将不获回应当成政府对其保留法律追诉权。
李将军申请特赦立下范例，鼓励许多前美利坚联盟国部队官兵接受再度成为美利坚合众国公民。1975年，在一名国家档案记录管理局(National Archives and Records Administration)职员发现李将军宣誓效忠的誓词后，洁洛德·福特总统对他发布特赦，并由美国国会回复其公民权。
李将军夫妇战时居住于妻子的娘家，寇提斯李大宅(Custis-Lee Mansion)，遭联邦军没收，成为今日阿灵顿国家公墓的一部分。在他去逝后，法院裁定该处房产遭违法查扣，须归还其子。州政府提议收购其全部土地而获同意。
他自1965年10月2日起于维吉尼亚勒星顿担任华盛顿学院（今华盛顿与李大学Washington and Lee University）校长。在超过五年的任期中他将华盛顿学院由一所不知名的小学校转变成美国第一所提供商业、新闻、与西班牙语课程的大学。他立下全面性，令人摒息的荣誉观念－我们只有一条校训，就是每一个学生都是绅士(We have but one rule, and it is that every student is a gentleman)－在华盛顿与李大学以及其他若干独断维持荣誉体系的学校垂范至今。重要的是，李校长专注于让学校吸引南北双方的学生。然而，该校仍维持著种族隔离制度。自1795年约翰查维斯入学以后，华盛顿学院，或说华盛顿与李大学，直到1966年才招收第二个黑人学生。
罹病与逝世
罗伯特·李灵寝纪念馆，位于维吉尼亚勒星顿的李教堂内。1870年9月28日，李校长感觉不适，无法清楚的说话。医生们赶到后，仅能协助让他躺在床上，希望病情能自行好转。几乎可以确定李校长是得了中风。这场中风损坏了脑前叶，使他言语失能，无法咳嗽。他经由人工喂食以维持体力，但转而罹患肺炎。因为无法咳嗽，李校长死于肺炎并发症(而非中风本身)。他在中风后两周，1870年10月12日，逝世于维吉尼亚的勒星顿，葬于华盛顿与李大学校园的教堂下。
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罗伯特·李—怀着悲痛作战的南方将军
罗伯特·李将军被认为是美国南北战争时期南方奴隶主阶级的军事帮凶，因此在国内的很多书籍上对他的评价也有失公允。李将军出生于1807年1月19日，其家族是美洲移民时代的名门望族，第一代李家族的创始人托马斯·李是俄亥俄公司的创始人，作为传统的英国贵族曾是殖民地最高会议的成员和弗杰尼亚州的州长。托马斯·李更是富甲一方，在弗杰尼亚和马里兰拥有多达1万6千英亩的种植园，同时其也是整个殖民地区中拥有最多黑奴的人之一。托马斯死于1750年，生后留下了大批的财富和8个孩子。大儿子菲利普·李继承了这笔庞大的遗产，成为了新的一家之主。
罗伯特·李的父亲亨利·李是独立战争时期的功臣，但是由于在一次经商中被欺骗失去了家中的所有财富而从此意志消沉，是以在李成长的岁月中，他一直处于一种极为窘迫和难堪的境地中。最终，李在家族无法负担巨大的耶鲁大学学费的情况下向西点军校提出了申请，因为那是唯一既可以让他受到良好高等教育又不用交付学费的地方。西点军校很快就批准了他的申请，之后李也第一次离开了自己的家乡——弗吉尼亚州到了位于纽约州的军校。军校中的李，成功展现了他的杰出才华，他毕业时成绩位居1825届的第二名，同时被授予杰出荣誉学员，得到了讲师的一致赞美。对待同学总是态度谦和虚心，从不以自己的良好成绩去炫耀。与人正直诚实，几乎从不对任何人发脾气。四年后，校方在毕业评价中写道“此生表现杰出卓越，实为我校近年来少有的尖子。据其在校的表现，我们没有发现此生有任何不良的缺点。”毕业后，李被授予少尉军衔，派往了工程兵军团。
在军队期间，罗伯特与华盛顿的曾外孙女玛丽·寇迪斯结婚，随之成为华盛顿家族的第一代言人和财产监管人。
内战前夕，李告别妻子回到德克萨斯，随着北卡罗来纳州的独立，德克萨斯也接着宣布成立共和国。李作为联邦军队的军官随即被赶出了德克萨斯，李只能回到了阿灵顿的家中。此时国内的局势已经变得不可遏制，南方各州都纷纷激烈地要求独立以求得州权，而北方联邦同样是歇斯底里般地不愿让步，甚至有参议员在国会宣称这是一个彻底解决州政府和中央联邦政府权利力之争的大好时机；废奴主义者们也是要求林肯进一步执行他的政策彻底地废除蓄奴制度；南方的议员则批评这是违背林肯自己的选前承诺，因为林肯自己表示过“若他当选总统，他不会终结南方的蓄奴制度的现实状况”。真是所谓山雨欲来风满楼，李同样无法远离这一个是非，虽然此时的弗杰尼亚并没有公开宣布独立。
然而当北方联邦政府宣布将动用军队武力镇压南方独立州的时候，弗杰尼亚州当即表示对联邦政府的谴责，州议会宣布弗杰尼亚州脱离联邦加入了南方邦联。而此时李接到了北方联邦政府陆军部和总统林肯亲自发出的任命信，准备晋升他为联邦军准将。在接到信后整整长考了三日，李从来不赞同南方分裂的主张，他热爱由自己的父亲和曾岳父参与建立的合众国。但是，他基于道德立场，同样不赞成北方以武力解决南方的分离要求。在他自己看来他实在无法去和自己的家乡和亲人作战厮杀。4月23日，李拒绝了联邦政府的邀请，接受了南方邦联总统的要求掌管弗吉尼亚州的防务。8月31日，李被晋升为上将，短暂地担任了一个月的南军总司令，该职务后由总统戴维斯兼任，李担任了南军总参谋长。接着开始负责南卡洛拉那州和乔治亚州海岸防线的修筑工作，以防止北军通过海军的优势侵入登陆。到了1862年3月，李回到了南方首都里士满。到了5月，北军总司令麦克艾伦率领着10万大军从华盛顿出发沿着波特马克河南下，在里士满附近的半岛登陆，开始了对里士满的攻略作战。此时的一线指挥官约翰斯顿则是正好受伤，李就改组了他的军团以总参谋长身份出任军团长，李将该军团命名为北弗杰尼亚军团。
同时李提拔了两位将军作为他的副手，一个是“石墙”杰克森，另一个则是朗斯特，这两人日后也就成为李最杰出的左膀右臂。李随后开始对侵入的北军发动一次主动进攻，这也就是所谓的“七日战役”。李以凌厉的攻势猛击麦克艾伦的薄弱右翼，让整个北军指挥系统顿时手足无措，成功瓦解了北军的反击作战。之后，他付出较大的伤亡后(约1万人)，成功地将北军赶出了里士满，最后麦克艾伦不得不依靠海军舰炮的掩护仓皇撤退。李又继续挥师北进，在第二次公牛跑战役中又一次击败了北军。此时在李的授意下，“石墙”杰克森突袭北军的哈伯渡口（Harpers Ferry），不仅将其占领而且俘虏了1万2千名北军。此时麦克艾伦被解除了北军波特马克军团司令的职务。
1862年9月17日，北军孤注一掷在安特提姆战役（Antietam）投入大批部队阻击李的节节进逼。北军以绝对的兵力优势投入战斗，李以异常坚强的防御顶住了北军近乎疯狂的进攻。战至下午，李亲自走上火线，鼓舞士气。在一次反突击中，李的右手臂被流弹击伤。在千钧一发之时，他的援军A.P.希尔赶到了战场并投入了战斗，最终李成功地击退了北军。但是其损失太大，之后也再没有继续侵入北方的可能性。李取得了一个战术上的胜利，但是却失去了一个战略上的机会。双方一共有2万8千人倒在了战场上，这一天成为了美国历史上最血腥的一天。李的军团不得不撤回了南方休整结束了他第一次对北方的攻略。
1865年3月，李主动放弃了里士满，开始向北卡洛拉那移动准备与约翰斯顿将军会合以便对付谢尔曼的大军。然而在半路中，格兰特军团事实上也已经追上了李的北弗杰尼亚军团，几近将其包围。李明白此时的南方早就是大势已去，他向还在与他战斗着的格兰特提出了投降谈判的要求。也有人提出过，号召全体南军部队化整为零深入山区打游击战，就如同当年独立战争时他们的祖辈对付英国人那样。但是，李一口加以回绝，他如此回应“战争是我们这些军人的职业，如果如你们所说，那就等于把战争的责任推给了无辜的人民，带来的也只会是无休无止地争斗和血腥的屠杀。我虽然不是一个优秀的军人，但是我的道德不允许我去这么做。如果我的死，可以换取人民和这片土地的安宁，那就让他们把我当作战争罪犯绞死吧。”
最终，李和格兰特在阿托克马斯（Appomattox）的法院会面商讨投降事宜。在此背景下，李和格兰特的会面却是异常感人的，虽然格兰特在此之前从没有说过李的任何“好话”，而且格兰特曾说过他不愿意再听到任何人在他面前说有关李的“无敌”神话，并声称他就是要“抽打”李(Whip Lee)，并且他一定能够“抽打”李。但在内心格兰特却是十分敬重李的，这就是所谓的英雄相惜。在和李见面后，虽然当时李一身笔挺的军服而格兰特的军服上满是征尘，但在两人内心，却是正好相反，李是十分痛苦当然格兰特则是十分兴奋的。格兰特看出了李内心的痛苦，甚至不忍心提起“投降”这个话题，在谈判开始后的半个多小时内，格兰特一直在说关于墨西哥作战时的往事，最后还是李主动将话题转到了投降上，格兰特几乎同意了李所提出的所有要求。在得到了格兰特决不会关押迫害一名南军士兵的保证后，李同意在投降协议上签字。最后，李却又补充了一条即允许南军士兵带走军中的战马，当格兰特问及原因的时候，李只说了一句“马上就要春耕了，他们都是农民的儿子，他们需要这些马去劳作。”最后，双方在互相尊重的气氛中签署了协议。李手下2万8千名饥寒交迫的士兵正式投降，也标志着历时将近5年的残酷厮杀终于停止了。
李无疑是内战中最为杰出的一名指挥官，同时也是品格最受人推崇和尊敬的将领。战前他曾在各种不同的兵种服过役，这使他在日后的指挥中能够充分地理解和协调各兵种之间的关系和安排。他的战略即为“进攻”二字，哪怕是处于逆境也敢于发动进攻，同时也善于捕捉对方部署上的弱点和漏洞，出其不意地发动攻击。对于局势的观察，他也有着特别的敏锐，从不会轻易放过对方露出的蛛丝马迹般的错误。李善于声东击西吸引对方注意力，接着猛然一个出色的运动，打击就落在对方另一侧。当然，李也有着这样那样的缺点和不足。其中最致命的可能就是他内向的性格所造就的，李极不善于向自己的部下解释他的计划和思想，常常会造成其下属的误解，这在“石墙”杰克森死后更为凸现。盖蒂斯堡战役就是一个最好的例子，在他这唯一的战败中，他的部下几乎没有一个人很好理解和贯彻他的命令。在整个战争中，李的每一场战役面对着远远多于他兵力的北军作战，尽管他在安特提姆遭到了重大损失，在盖蒂斯堡他也遭受了惨痛的失败，但李的部队从来没有出现过失去秩序地崩溃，他始终都是坚守在他的阵地上直到最后一刻。他所辖的北弗杰尼亚军团也是美国历史最好的一支部队。
相对于李的军事指挥才能，也许他的高尚品格才更让人们如此地怀念他。时至今日，他仍是南方乃至全美国最受崇敬的军人。他的生日都被定为南方各州的法定纪念日。以他命名的小学、中学乃至大学遍布各地。每年他的忌日在他墓前都会堆满数以千计的鲜花。在笔者眼中，现在的美国人早已把李看作了一个美国的象征，一种理想的体现。直到在李死后，当时的总统安德鲁·约翰逊也拒绝重新给于他美国的公民权。一百零五年后，美国参议院于1975年7月22日全票通过特别法案恢复了罗伯特·爱德华·李美国公民称号与权利，8月5日福特总统签署了此项法案，当时福特感言道：“李是一个真正的美国英雄，深深地受到了南方和北方的共同尊敬。”
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