健康档案的考核指标包括健康档案建档率、电子档案建档率、健康档案合格率和健康档案使用率等。
居民健康档案建档率＝已建档居民健康档案数/年内辖区内常住人口数×100％；健康档案合格率＝填写合格的健康档案份数/健康档案总数×100％。
居民健康档案使用率＝有动态记录的档案份数/随机抽检的健康档案份数×100％；电子健康档案建档率＝建立电子档案人数/辖区内常住居民数×100％。
健康档案，指居民身心健康（正常的健康状况、亚健康的疾病预防健康保护促进、非健康的疾病治疗等）过程的规范、科学记录。是以、贯穿整个生命过程、涵盖各种健康相关因素、实现信息多渠道动态收集、满足居民自身需要和健康管理的信息资源。
健康档案的作用意义：
1、内容全面
健康档案不是简单地将纸质病历记载的各项内容输入电脑，还记载了居民平时生活中的点滴健康相关信息，在任何时间、任何地点收集居民的健康信息，不仅能记录病史、病程、诊疗情况可以完成以居民健康为中心的信息集成。医生可以随时随地提取有关信息，快速全面的了解情况。
2、使用广泛
随着网络技术迅猛发展，卫生领域的电子商务、电子服务应运而生，居民健康档案能在广域网环境下实现信息传递和资源共享，能任何时间、地点为任意一个授权者提供所需要的基本信息，无论到哪家医院就诊或体检，都能提取到自己的以往健康档案。
3、检索方便
到过档案室查询资料的人都知道，要想使用纸质的信息资料时，必须先通过查找索引，找到相关索引一层层进入后才能进行翻阅，当查询多个不同区域的健康档案时，不仅速度慢，劳动强度大，而且信息不够全面集中。
4、存储简易
纸质病历的保存，必须有足够空间，规定保存期限，同时还要解决纸张的磨损、老化以及防潮、防火、防蛀等问题，要消耗大量人力物力。健康档案有效的存储体系和备份方案，能实现大量存储和实时存取的统一，占用空间小，保存容量大，能永久保存。
5、资料提供
居民健康档案可以直接、快速、准确的为突发性、传染性、多发性病提供资料。如SARS期间，如果我们能从健康档案中提取非典型肺炎所具有的病症特点，可以从这些症状中得到提示，寻找到挽救病人生命的治疗方案与防止疾病扩散的有效办法。