探索扩增子世界的主角:OTU君的深度解析
在微生物学的舞台上,OTU君无疑是那个关键的角色,今天就让我们一起走进这位C位明星,深入了解其在高通量测序中的核心作用与魅力。
一、OTU聚类的艺术
OTU,如同艺术作品中的构图单元,是科研人员精心筛选的有效序列的聚合体。通过默认的97%相似度阈值,clean tags如同画布上的点,被聚合成一个个独特的OTU集群,每个cluster都拥有独特的序列标识(OTU ID),揭示样品中的物种多样性。
二、singleton OTU与嵌合体的净化
Singleton OTU,如同艺术作品中的孤寂线条,往往被认为是测序误差的产物或是PCR过程中的“异形”。UCLIME算法犹如艺术家的甄别眼,精准剔除这些杂质,留下纯净的Effective Tags,让数据更加纯净无瑕。
三、挑选OTU代表作
为了确保下游分析的精准性,每个OTU都需要选出最具代表性的序列。Qiime就像画师的选择,可以选择出现频率最高的、最长的或是随机选取,但默认策略总是选择那条最能体现OTU本质的画笔。
四、构建OTU世界地图
usearch如同地理学家的绘图工具,统计每个OTU的序列分布,生成otu_table_raw,揭示每个OTU在不同样品中的足迹,构建出一幅独特的微生物生态系统地图。
回炉深造:OTU的科学奥秘
更多关于OTU的精彩故事,尽在美格基因公众号,那里有科学家们对微生物世界深入挖掘的探索和揭秘。