巴基斯坦跟孟加拉国其实在最早的时候都属于印度，只不过在甘地运动之后造成的分裂，同时也在宗教信仰方面产生了分歧！
印度的领地
应该这样说，巴基斯坦目前简称西巴，也就是西巴基斯坦，而所谓的孟加拉国就是所谓的东巴基斯坦，而巴基斯坦和孟加拉国原本都属于印度的领土，只不过在英国殖民者的统治之下，思想和文化方面差异越来越大，导致了其开始分裂，而且主要是西巴基斯坦对东巴基斯坦，也就是孟加拉国的经济限制以及经济虐待，导致了东巴基斯坦，也就是孟加拉国的独立！
受虐待的孟加拉国。
应该这样说，在甘地运动之后，印度基本上分成了两大块，一部分就是印度共和国，另外一部分便是巴基斯坦共和国，而巴基斯坦在后来的演变过程之中，因为宗教的原因并入了东巴基斯坦，也就是孟加拉国，加拉国在加入巴基斯坦之后，由于宗教以及文化和经济方面的矛盾，经常性的与西巴基斯坦进行战争，最后不甘心忍受虐待的孟加拉国忠于独立！
印巴冲突明显。
曾经的印度能帮助过孟加拉国，也就是东巴基斯坦。最终才让东巴基斯坦摆脱了西巴基斯坦的束缚，终于成为独立的孟加拉国。但是这也让印度与西巴基斯坦的矛盾越来越严重，换句话说印巴冲突越来越明显，经常因为各种小事而爆发一系列的战争，现在的印巴关系也非常紧张，经常会发生战争！这也是孟加拉国跟西巴金斯坦矛盾的渊源所致！
关系应该是不太好的，可以从以下几点分析出来：
有三个原因成为巴基斯坦和孟加拉国关系发展不友好的障碍，两国钱财分配问题是非常重要的原因。对于钱财问题两国商按照人口来分配之前的资产，孟加拉国占全人口的百分之五十五左右，按理应该比巴基斯坦分配资产时要多一些，巴基斯坦自然不愿意给这么多财产给孟加拉国，所以拒绝了，这个问题到现在也还未解决。
第二个原因是，两国遣返不是本国的居民。在孟加拉国有大约五十几万的巴基斯坦的居民，孟加拉国政府决定遣返非本国居民，但是这种做法遭到了巴基斯坦政府的强烈反对，有些巴基斯坦的人在孟加拉国安家乐业，难道要因为这件事，就让无数的巴基斯坦居民无家可归吗?因为遣返非本国居民回国任务量大，所以一直都没有实质性的进展。
第三个原因是巴基斯坦与孟加拉国有一些难以解决的问题，在1971年发生的战争令孟加拉国的人民耿耿于怀，巴基斯坦在当年进行军事活动，造成了很多孟加拉人的无辜死亡，但是当时巴基斯坦政府没有出来道歉，因此更加惹怒了孟加拉国的人，在当时两国的贸易出现了问题，后面巴基斯坦的一个总统对此事表态，对孟加拉国的人民道歉，这件事才宣告结束
但是在1971年11月21日，印度出兵东巴(孟加拉)，第三次印巴战争爆发。在这次战争中，孟加拉脱离巴基斯坦而独立建国，巴基斯坦政府对此回天乏力，只好承认孟加拉国为一个主权国家，两国从此分道扬镳。
两国虽然有着共同的宗教信仰，但在分开后，关系并没有向好的方向发展。
首先是两国关于资产的分配问题
东巴和西巴就好比是两兄弟，两人有着共同的宗教信仰、政治资源等。但是，有一天，这两兄弟因为有人从中作梗闹分家，按照我们中国的传统来说，分家必然意味着要分财产，而独立出去的孟加拉也是这样想的。
于是，在孟加拉国独立之后，原来的巴基斯坦总理访问布托访问孟加拉，双方商量着分一下财产，毕竟好歹以前也是亲兄弟。双方在商量之下，孟加拉的领导人穆吉布·拉赫曼先提出了建议，说双方应该按照目前各国的人口比例的多少来分财产。
这话虽然说得轻松，但是在当时，孟加拉国的人口占整个巴基斯坦人口总数的56%，也就是说，东巴人多，西巴人少。所以这样算下来，东巴应该分大头(60亿美元)，西巴应该分小头，这样一分，西巴显然是吃亏的，于是布托很爽快地拒绝了穆吉布·拉赫曼，这一问题直到最后也没有解决。
其二，关于西巴居民的去向问题也成了双方争论的焦点
双方原本是一个国家，但在分裂成两个国家之后，东巴地区有西巴的居民(50万之多)，同样西巴地区也有东巴的居民。面对西巴一步给物、而不给钱的情况下，养活这50万人就成了一个大难题。
于是，孟加拉国想要遣返这50万人回到西巴，双方就这一问题展开了磋商。
但是，西巴始终没有同意这50万人回到他们原来的地区。因此，基本这方面的问题，双方的关系始终处于不温不火的状态。
其三，为了报复孟加拉的独立，在此后很长一段时间内，巴基斯坦一直对孟加拉进行打压
1971年，孟加拉在印度的支持下宣布独立之后，巴基斯坦一直对此耿耿于怀。而孟加拉国业认为巴基斯坦对他们的军事行动造成了不可估量的损失以及众多人员的伤亡，因此，孟加拉国要求巴基斯坦道歉。
在孟加拉国独立问题上，双方一直是争执不下，各有说辞。巴基斯坦的理由是他们当时出兵是为了维护国家统一，如果我们给你道歉了，就等于是印度的入侵是正义的，而我们巴基斯坦反倒成了有问题的。所以，在这一问题上，巴基斯坦对孟加拉始终没有道歉。
但是，事情后来发生了转机。2001年，穆沙拉夫发动政变，推翻原先的政权，当选为巴基斯坦总统。随后，他对孟加拉展开访问。
这次访问，堪称“破冰之旅”。在这次访问的过程中，穆沙拉夫就巴基斯坦对孟加拉国曾经造成的伤害正式道歉。他说道：““我想对孟加拉人民表达对那次的悲剧事件最诚挚的歉意，这个悲剧事件给我们两个国家造成巨大的创伤”。
这次道歉，使双方一度僵硬的外交关系恢复正常化，两国开始向着正常的外交贸易发展。
此后，在全球化的大背景下，伴随着全球贸易的进一步加强，巴基斯坦和孟加拉国的合作更为广泛。双方在农业、贸易、旅游等各个方面展开了合作，双方联系进一步加强。