即使已经认罪但是由于证据不足，应该会被不起诉处理，如果是在押的情况则应当立即释放。
法律依据：《十三届全国人大常委会对检察机关适用认罪认罚从宽制度情况报告的审议意见》指出 坚持证据裁判原则，严把罪与非罪界限，对犯罪嫌疑人虽然认罪认罚，但证据不足，不能认定其有罪的，依法作出不起诉决定。
《刑事诉讼法》第一百六十条公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定;同时将案件移送情况告知犯罪嫌疑人及其辩护律师。
第一百七十一条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
第一百七十四条不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。