如果直接看《无间道3》肯定看不懂，必须把《无间道》《无间道2》看完才会明白《无间道3》讲的是怎么样的故事。
无间道1是一个完整的故事，无间道2是对无间道1的补充，无间道3则是既对前面做了补充也对后便做了延伸，时间排序很琐碎，更不容易看懂，所以想看懂无间道3必须看懂第一部和第二部，最后的刘建明放录影带是他已经人格分裂了，就是患了精神重症，先前听到的只是幻想，在此之前他已经又对着镜子自己跟自己说话了，并且最后他还一直说要逮捕刘建明，因为他实在太纠结了。
故事在2001年与2004年平衡发展，揭露警方卧底陈永仁殉职前后的经过。两段看似无关的时空却骤然交错，令所有陷于无间地狱般命运的人物面临终极对决！ 2004年，这是最坏的年代 陈永仁(梁朝伟饰)被杀后10个月，刘建明(刘德华饰)被警队内部调查，架空职权，被派无关重要的庶务工作！与妻子Mary的婚姻破裂，连与一岁女儿见面的机会也没有。身心俱疲的刘建明，每日的生活虽像走向地狱一样，但他相信坚持就会扭转局面！
这时，年轻警司杨锦荣（黎明饰）凭着一页页丰功伟绩，以不到四十之龄，正迈向警队最高层；刘建明看在眼里，好像看见以前的自己。一次机缘，刘建明与杨锦荣结为好友，却发现杨锦荣神秘的一面，他推测杨锦荣可能和自己一样，都是黑帮派入警队的卧底。决定重新做人的刘建明暗中追查杨锦荣身世之谜，千辛万苦找到一个又一个证据，可是每次最接近真相的时候，总是功亏一篑，还引来警队高层对刘建明的极度不满。渐渐，刘建明觉得杨锦荣根本毫无可疑，渐渐开始怀疑自己。
2001年，陈永仁跟随韩琛（曾志伟饰）已有两年时间，可是韩琛根本从来不会轻易相信任何人，只派一些鸡毛蒜皮的工作给他。为了得到信任，陈永仁不惜以身试法，上司黄志诚（黄秋生饰）发觉他已渐失控，千方百计要拉陈永仁出局，两人之间势成水火。陈永仁也渐渐迷失了自己，直至遇上李心儿（陈慧琳饰）。因为一次严重的暴力罪行，陈永仁被判进行心理辅导，在催眠治疗期间，陈永仁梦中泄露了真正身份，李心儿半信半疑间，对陈永仁发生了兴趣。韩琛又派下一个任务，陈永仁知这是最后一个机会，为了得到韩琛最终的信任，陈永仁决定背叛黄SIR，大开杀戒 。
希望你这次能看明白哦。
1.刘建明开局已然无敌了，警队高层审查他通过了。同期的韩琛卧底全被他杀了(结尾处刘建明大吼你们知不知道我多辛苦才能杀光韩琛的卧底)
2.现在刘建明在法律层面已经是个完全干净的人了。刘建明女友mary虽然对他心灰意冷，但并没有举报他。
3.杨锦荣和沈澄得知陈永仁死讯后感觉事有蹊跷。并且怀疑到刘建明身上，但是他们没有任何证据。(有证据早就抓刘建明了，韩琛录音带现在只有刘建明这里有)
4.杨锦荣发现最近警队有不少警员离奇死亡。怀疑是有内鬼在扫除同伙。
5.杨锦荣揭发了一个确认是内鬼的警长，并且在他反抗时一枪毙了他。刘建明看到后猜测杨锦荣是不是和自己一样也是内鬼，在扫除同伙。
6.刘建明开始监视杨锦荣，并且发现自己精神状态越来越差，时常幻想自己是陈永仁。于是他模仿陈永仁找了和警队合作的心理医生李心儿。
7.李心儿发现了刘建明的精神分裂，并且一直在试图诱导他说出真相，并且差点成功。
8.回忆杀，杨锦荣的确曾经和韩琛联系过，并且和他互换过一些情报。但那些情报是个陷阱，诱导韩琛和沈澄接触交易。结果韩琛没有上当，还差点害死陈永仁，幸好沈澄和陈永仁互相都发现了对方是警方的卧底。杨锦荣陈永仁沈澄三人因此结交。
9.杨锦荣继续以自己为诱饵，希望刘建明开始对付自己从而露出马脚。李心儿依旧在给刘建明做反治疗，希望能套出陈永仁死亡的真相。
10.刘建明也没有闲着，一边接受治疗导致精神分裂日益严重。一边几乎一有空闲就监视杨锦荣。
11.最后结局的确有点牵强。刘建明在一次心理治疗中他陈永仁的人格获得了主权。他找到了韩琛的录音带并且留下一段视频。告诉李心儿(放心吧，李医生我一定会亲手抓住刘建明)。
12.回到警察局时刘建明的人格又占据了主导。他由于精神问题，他竟然把揭发自己是卧底的录音带当成了揭发杨锦荣的。
13.然后就是结局了，刘建明脑残自曝，断送了所有的优势。杨锦荣稳赢的局面还要装一波b，说出对不起我是警察的flag。然后被一枪爆头。
14.其实总结起来就是 杨锦荣 李心儿 沈澄 刘建明的陈永仁人格 一起联手 击败了刘建明的主人格。其中沈澄就是个打酱油的。。。