人类利用人新鲜粪便或者发酵的粪水中的物质治病，至少有近2000年的历史，最早将粪便用于治疗的是中国，粪便入药从1000多年前的中药“黄龙汤”开始，1958年美国医生用粪水挽救感染垂死的患者，这是英文文献记载最早的案例。
东晋时期(公元300～400年)的葛洪，在其所著《肘后备急方》中，记载了当时用粪清治疗食物中毒和严重腹泻，“绞粪汁，饮数合至一二升，谓之黄龙汤，陈久者佳”，还记载了用动物粪便治疗疾病，如“驴矢，绞取汁五六合，及热顿服，立定”。
16世纪，中国明代李时珍在《本草纲目》中记载了口服粪水治疗严重腹泻、发热、呕吐和便秘等疾病。中国传统医学一直是现代医学的宝库。中医里的很多疗法或药方，之所以被人们认为是“伪科学”，是因为现代科学还没有发展到可以真正揭示它们的阶段。中国古代用粪便治病的办法，看似离谱，但在今天终于找到了圆满的科学解释。
1958年，一种名叫伪膜性肠炎的消化道疾病死亡率高达75%。美国科罗拉多大学医学院外科医生beneiseman，对4名患有严重伪膜性肠炎的患者，采用了抗生素、氢化可的松、益生菌等治疗手段，但病人仍腹泻严重，甚至出现休克。无奈之下，医生最终和患者及家属商议，用患者家属的大便制成粪水对患者进行灌肠。结果，其中3名患者在几天之内奇迹般地康复出院，另一名患者在住院期间则死于与肠道感染无关的其他疾病。
此后近20年，由于无法从科学角度清楚地揭示它的治疗原理，这一疗法并没引起人们的重视。
1980年，中国301医院消化科也曾用同样的方法治好了一例严重腹泻的病人，但并未对此作进一步研究，更没有发表过什么论文。之后肠道作为人体应激时的中心器官之一，其屏障功能、免疫功能、与其他器官的紧密联系、以及肠道细菌微生态逐渐被学界认识”。
近10年来，由于高通量基因测序技术的出现给科学家提供了得力“武器”，人类“攻入”了肠道菌群这一新的科学领地。科学家忽然发现，原来总重量高达1.5千克的肠道菌群，在人体中发挥了巨大作用，与肥胖、肠道疾病乃至精神疾病都有着隐秘而密切的联系。
自2004年以来，在《自然》《科学》《细胞》等顶级学术刊物上发表的有关肠道菌群与疾病和健康关系的论文已有上百篇，其他各类生物医学刊物的相关论文达上千篇。包括肥胖、糖尿病、癌症、自闭症等在内的超过50多种疾病都有证据表明与肠道菌群失调有关系，而通过配方营养、益生菌和药物调节菌群预防减轻疾病的报道更是如雨后春笋，层出不穷。
2005年10月，13个国家在法国巴黎召开了“人体微生物组研究计划”圆桌会议。会议认为，应该像做“人类基因组计划”那样，组织全球力量，开展“人类微生物组计划”，把人体共生微生物组的基因组成全部测定出来。当肠道菌群的作用被揭示以后，粪便移植的原理也就可以得到很好的解释。之所以用“移植”这个词，说明现在已经把肠道菌群看成组成人体的一部分。
最近几年，艰难梭菌感染在美国发病率的迅猛上升，也是造成粪便移植在临床上这么火的重要原因。艰难梭菌感染与抗生素的长期使用有关，并对多种抗生素具有耐药性。艰难梭菌感染常常在医院内发生。有数据显示，2008年，美国每1000例住院病人里就会发生8.75例感染。上述的伪膜性肠炎就是由艰难梭菌感染引起的。相比之下，中国目前的艰难梭菌感染病人还不是很多。
2010年，中国人民解放军总医院消化科接手了一个患克罗恩病的病人。患者病情常年反复发作，频繁腹泻，痛苦不堪，用了各种治疗手段也没有什么起色。采用国外刚刚兴起的“粪便移植”疗法。在经过粪便移植以后，病情有了很大改善，从曾经的一天腹泻十余次减少到5次。然而，肠道菌群种类丰富，数量庞大，究竟是哪些细菌起了作用，这还需要进一步研究。
2011年，美国一个合作组将既往这些通俗、杂乱的医学名词统一为fecal microbiota transplantation (FMT)，翻译为粪菌移植。
2013年，美国将粪菌移植纳入难辨梭状芽孢杆菌感染治疗的指南，用于第三次复发的治疗。全世界已经有50项批准的临床试验在探索多种疾病的治疗。
