1958年Nieuwdorp找到Ben Eiseman（当时是美国科罗拉多大学丹佛分校的内科医生）的论文后，打算采取粪便移植的治疗措施，Nieuwdorp告诉他的主管——Joep Bartelsman。Bartelsman意识到Nieuwdorp并不是在开玩笑，他同意了Nieuwdorp的方案。
治疗方案很简单：他们将对该病人进行结肠冲洗（希望借此也能清除艰难梭菌），并用来自捐赠者（她的儿子）的健康菌群替代。他们将她儿子的排泄物和盐水混合，通过插在鼻子上的一个薄塑料管，将混合物直接注射入病人的十二指肠。Nieuwdorp和Bartelsman决定在几个月的治疗中有4名艰难梭菌患者痊愈，两人接受了来自第二名捐赠者的粪便移植。
2013年，美国一名32岁女子此前因被“艰难梭菌”感染，多年来经常呕吐及腹泻。于是她接受了一项手术，从自己体型肥胖的女儿胃部抽取粪便微生物，移植至自己的肠中，期望根治疾病。但该女子接受手术后虽然痊愈，体重却无故暴增，从手术前的62公斤长到了16个月后的77公斤磅，与自己的女儿一样，也变成了一个肥胖的人。该名女子实施手术的罗得岛布朗大学医学院医生凯莉透露，手术十分顺利，但病人约一年后回到诊所，投诉体重暴增，其身体质量指数(BMI)由原本的26(过胖)，急增至33(中度肥胖)。此外，这名女子还表示感到有东西在体内不断移动。
据悉，该女子其后接受营养师指导减肥，但体重不减反增，院方怀疑手术影响了她的新陈代谢，同时也不排除是抗生素影响等其他原因。过去在老鼠身上的实验显示，移植肥胖生物细菌将引致接受方体重大增，不过由于人类病例极少，凯莉目前仍未能确认女子体重持续上升的原因。
英国雷丁大学的卡拉察斯医生则认为，动物的身体构造与人不同，目前未有确凿证据证明体重与粪便益菌移植有关。美国每年有1.4万人因感染“艰难梭菌”死亡。这种疾病的主要症状是呕吐和腹泻。由于抗生素耐药问题越发严重，这种肠道感染也变得更加难治和容易复发。移植健康人粪便中的肠道菌群是目前最理想的治疗方法。
