益生菌是指活的微生物，能在人体消化道定植并发挥相应的生理作用，在给予足够剂量时，可实现微生态保护和免疫增强效应，对宿主的健康有利；益生元是一种不被宿主消化的
食物纤维成分，如
低聚果糖，低聚木糖，水苏糖等，选择性地刺激一种或几种结肠内有益常住菌的活性或生长繁殖，可以导致特定的胃肠道微生物组成和(或)活性改变，起着增进人体健康的作用；合生元则是同时含有益生菌和益生元的联合制剂，或再加入维生素和微量元素等，其既可发挥益生菌的生理性细菌活性，又可选择性地增加该菌的数量，使益生菌的作用更显著持久。
不同的益生菌制剂主要是菌株不同，一般单独应用，根据病情和群紊乱的程度和特点，可以在医生指导下联合使用；一般活菌制剂效果优于死菌。益生菌与益生元合用时会彼此增强活菌效果。治疗目的益生菌补充使用应该注意活菌含量，否则效果将大打折扣。以日常保健为目的补充益生菌可以采用食品级益生菌，合生元。疗程一般7-14天。益生菌制剂不宜与抗生素药物同时服用；在合并某些消化道疾病时，如
胰腺炎、胆囊炎，由于肠道内的pH改变，不宜使用益生菌制剂；在有中心静脉穿刺置管时，一般不宜使用布拉氏
酵母菌，以防穿刺伤口污染造成真菌血行感染。
对于活菌制剂保存时应注意温度，如芽孢杆菌(
整肠生)，布拉氏酵母菌(亿活)耐热，不须冷藏。大多数双歧杆菌，乳酸菌等活菌制剂应根据要求条件贮藏。