首先打击你一下，这个是不可以的，你已经取得执业助理资格，说明你要么是中专要么是专科学历，按执业医师报考相关规定，获得助理资格的中专学历工作满五年可报执业医师，获得助理资格的专科学历工作满两年可报执业医师，所以说在你报考执业医师资格的时候，你不仅要提供学历，更要提供助理医师执业证书，如果你不提供你的执业助理证书，那你只能报考助理资格，这是学历上的限定，而你提供了执业助理证书那就说明你已经有了助理资格，当然就可以报考执业医师了。现在说你的问题，因为要提交助理医师执业证书，而你报名单位和助理注册的单位不是同一家，这说明了，一、你到了新单位上班，但你没有办理执业医师的变更手续，属于违法执业。二、执考报名要求提供单位考核证明，你注册的是原单位，而报考的是用新的单位名义，你提供的执业证书注册单位和报名单位材料不统一，那么考核证明即便盖了报名单位的章，也是没用的。综上所述，给你的建议是尽快办理好执业医师变更手续，用新单位名义报名。
本人负责执业医师报考审核工作，在我受理的报名材料中也出现过这种情况，一般都这样处理。
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