第1个回答 2010-02-21
这是我在网上找到的。。注：不是我写的！！！！！表误会！！！
第一版：
夕阳使天空泛黄。
天空下的某个角落，却被黑洞洞的枪口所抵住。
米花町
仓库外，停着一辆黑色保时捷。
“江户川……”灰原颤颤地叫了一声。
此时此刻，在她的茶色头发上，抵着琴酒的枪。
她的对面，站着兰和少年侦探队。
“小侦探，不，应该叫你工藤新一吧。”琴酒瞥了一眼灰原哀，冷笑地看着一脸严肃的柯南。
伴随着话音之落，兰震惊了。
“柯南？！”兰不相信地叫着。
“工藤……哼，恐怕今天是你的最后一天了。”伏特加上扬了嘴角，举起了枪对准了新一。
“柯南就是新一？！这……”
“对不起，兰。”兰还没说完，就被柯南的道歉打断了。
“兰，其实我就是工藤新一，对不起。”
“为什么？为什么骗我！”
“你们要吵，就去黄泉吵个够吧！”伏特加扣动了扳机……
随着枪声，她倒下了。
“贝尔摩得？！”琴酒的眼睛中掠过一丝不可置信。
贝尔摩得为柯南挡了那颗子弹。
“什么！”身体缩小的侦探看着血泊中的贝尔摩得。
“你们曾经救过我一命，现在，就算我偿还了吧。”贝尔摩得说完便闭上了眼睛……
“真是没想到，那接下来……就是你了，雪莉。我还真想看看你死去的样子呢！”
哀身体颤了颤，却仍然保持着一贯冷静。
又是一声枪响……
“光彦！不要！”元太和步美大叫。
光彦扑开了哀，代替哀去了天国……
“圆谷同学……”哀内疚地念了句。
“可恶的家伙！竟然向光彦开枪！我的鳗鱼饭不是白吃的！”元太立刻向琴酒扑去……
“那就让你去天国好好吃鳗鱼饭吧！”伏特加开了枪。
元太倒在了冰冷的地上。
“光彦！元太！”步美大哭着。
“下一个就是你了。”在仓库角落里的考伦把准星对准了步美的太阳穴……
“快趴下！”柯南扑倒了她。
“可恶的小鬼！……什么！”考伦没有射到步美和柯南，却正射到了肯蒂的眉心……
“你这个没用的东西！”肯蒂骂咧着倒下了……
“柯南！”步美惊吓地看着在她身上的柯南。
“我没事。”柯南爬起来，走向兰。
“兰，真的对不……”话音未落，琴酒扣动了扳机。
“工藤小心！”“新一！”“柯南！”
三个人同时用身体护住了毫无防备的柯南……
子弹穿进了灰原的身体……
“灰原！”“灰原同学！”“小哀！”
“哎呀呀……还真是有趣呢！是吧！琴酒老大！”伏特加冷笑着。
“雪莉……你终于落到这个地步了……哼……”琴酒看着痛苦的哀。
“工藤…………其实……我喜欢……我一直……一直喜欢……”
“什么？什么？”柯南几乎已经听不到灰原虚弱的声音了……
“……你…………”灰原吃力地吐出最后一个字，便闭上了眼睛……
“灰原！灰原！”
兰看着哀，掠过悲哀的眼神……
琴酒露出了招牌冷笑，“接下来，就轮到你们三个了……”
“还是你先吧！小鬼！”
“砰！”
步美半闭着眼看着柯南，
“柯南，谢谢你刚刚救了我，你要替我和元太、光彦一起活下去……”
“步美！步美！醒醒啊！喂！”
眼看着身边的伙伴们的离去，他的心如撕裂般疼痛……
可是，他却没有发现，考伦的已经瞄准了他……
兰猛然看到了那枚红点，“新一！小心！”
柯南立即反应过来！“兰！别做傻事！不要过来！”
来不及了。
兰倒在了柯南的怀里。
“新一……新一……”
“兰！不要走啊！不要！睁开眼看看我！”
“新一，你骗了我这么…这么…久……其实……我不生…你…你…的气…”
“兰！！不要走，兰！对不起！如果你活下去，我们再去游乐园！我保证！保证这次不再乱跑！保证！”
“来不及了……新一……我喜欢你……我好喜欢你……”
“兰不要走！我喜欢你！比世界上任何一个人都喜欢你！所以我不会让你走的！”
“新一………………………………”
兰闭上了眼……
“兰！”
“兰——”
失去了心爱的女孩，柯南失了魂似的跑去肯蒂的尸体边，拿起了枪……
“喂！工藤！别干傻事啊！工藤……”刚跟着阿笠博士来的服部试图拦住柯南的疯狂举动，
可是谁都没有想到，却被考伦警觉地开了一枪……
“服，服部！服部！”柯南看着服部倒下，却什么都做不了……
“平次！平次！”躲在门外的和叶看着死去的小兰已经伤心不已，现在又看见了平次中枪，便毫不犹豫地跑了进去……
“哼！今天想死的人还真不少！”伏特加向和叶开了枪……
“笨蛋……你这个笨……蛋……”平次对倒在身旁的和叶说，
“平次，要死也要一起死！”和叶流下了眼泪……
“笨蛋和叶…………”平次轻轻地说，“工藤…连着我……我们的份，好好活下去阿……”
“服部！！”
“可恶！”柯南正要冲动地扣动扳机时，一个熟悉的身影走了进来。
“博士别过来！小心！”柯南叫道。
可是阿笠倒一改常态，慢慢地向柯南走去，又拿走他手里的枪……
接着……又把枪口顶在了柯南的额头上……
“博士你干什么！？”柯南惊讶。
博士带过一抹冷笑。
琴酒说：“你怎么亲自来了？”
博士：“我想看看这位大侦探的死尸，哈哈哈哈哈！”博士几乎疯狂的笑起来。
“原来你就是黑衣组织的头目！”柯南恍然。
“啊哈哈哈哈！晚啦！”
正当阿笠要扣动扳机时，
一抹白色闪过枪口，阿笠手上的枪不见了！
“怪盗基德？！”阿笠和柯南同时叫道。
“碍事的家伙，干掉他！”琴酒命令道。
“啪！”一个烟雾弹过后，白色的滑翔翼行远了。
“哼！人都死光了，看还有谁来替你挡！”伏特加准备扣动扳机。
“砰！”
伏特加倒在了地上，立刻就断了气。
“恩！？”琴酒向开枪的方向看去……
“朱蒂？！”阿笠一惊。
“FBI的别来管闲事！”考伦开了枪……
“朱蒂老师！”柯南不想再看见身边的人离开……
“OH！LUCKY！幸好只是擦伤！”朱蒂说着。
“砰！砰！”两声枪响过后。
考伦被击中了，另一颗子弹竟打穿了琴的膝盖！
“赤井！”考伦叫了一声便去了黄泉……
“可恶……”琴酒单膝跪地地不肯屈服，恨恨地说了一句。
“接下来……是你！！”秀一瞄准了阿笠……
“砰！”
阿笠博士应声倒地……雪白的博士外套上绽开了血红的花……
“砰！砰！”
“什么！？！”柯南大叫，因为他发现中弹的是秀一……
“哼！看你们能撑多久！”是琴酒开的枪……
“小鬼，永别了！”
“砰！”
“唔……什么……！”琴酒中弹倒下，金色的头发在夕阳的照耀下如此悲伤……
黑暗组织被消灭了……
“是做梦吧……”柯南看着遍地倒下的人……
每一张都是自己熟悉的面孔……
灰原、元太、光彦、步美、服部…………还有，兰。
“柯南！”
“不要逃避，不要逃避自己的命运……”
“不行，不要动！我已经报警了，在忍耐一会就好，求你了！”
“但是，但是我，我不想逃跑！总是逃跑的话是不会赢的，绝对不会的！”
“新一……我喜欢你……”
“生命因为有限所以宝贵；因为有限，所以才要不懈努力。”
“可是你们是不同人吧！对不对？柯南。”
“我当然怕……可是现在还有你在我身边，而且新一也说要我等他，我一定要活下去等新一回来……柯南，我…… ”
“不要再说了！我不要听！！…已经不想听…解释…”
“我们永远都活在你身边……”柯南瞬间仿佛听到了大家的话……
[黑衣组织被毛利小五郎带来的警察剿灭，之后安排好了所有人的葬礼……葬礼上，很美，很美……]
—半年后—
—早晨：毛利侦探事务所—
柯南起床后……
“早安。兰！今天是你走之后正好半年，时间过的好快对吧……”柯南抚摩着兰的照片，照片上的兰笑的很灿烂……
“早安！元太！步美！光彦！你们走后案子少了好多……”
“早，灰原。…………”
……柯南对着一张又一张的照片问好……也有服部和和叶的：“你们两个……别老吵架哦~”
“工藤！臭小子！快来吃早餐！”
“哦！我就来！”
“那……放学回来再来找大家哦！再见！”
[多年过去了……在米花市的报纸上，有一张灿烂的笑脸，跟十二年前的工藤一模一样，旁边的头条上写着“高中生侦探——江户川柯南”]
—END—
第二版：
第一部分：江户川文代二度现身江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。 因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生【基德老爸】！优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗【怪盗基德】在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。 Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个 Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的**成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。” “恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。 Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。 “柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。” “笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。 “不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。” “哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。 优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。 新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，
好长的！！！我记得还有一个版的。。找不到。。再找找！！结局蛮好的。。是新兰结局~~~~！！！
第3个回答 2010-02-25
2.工藤新一的复活——与黑暗组织的对决 我是青山刚昌我来说说~！以上说的是假话
我是个侦探asd85731236 在前500集我已经总结出来了 每件案子真正的幕后黑手就是阿笠博士一手导演的 首先来考虑1.为什么案件总是发生在柯南所在的地方，实话说有三个原因我说的有点离谱你一定信我话不然结局出来你会失望。
1.知到新一所在的有三个人阿笠，小五郎，小兰。
2.小兰先排除掉。
3.分析啊笠是第一有可能称为幕后黑手.小五郎是第二个候选人。
【1】我们先分析一下啊笠博士X X是从小就与新一在一起居住的老邻居 至于网上流传的新一的父母因为调查黑衣组织而来到啊笠博士的家旁居住，你可以完全不信，他们为了补充个证据盲目的说新一的父母被啊笠博士逼到外国，其实这只是个幌子，实话告诉你，就算一个人知道犯人的所在地，也是不可能不报警了，如果抓住头脑，就会顺藤摸瓜的抓住黑议组织的来龙去脉。至于跟阿笠博士一起出游发生的 案件，是啊笠一手安排的。
【2】如果啊笠不是，呵呵那么就是毛利小五郎是凶手了
没错！青山刚昌也是羞涩的承认了我这个推断符合了一些剧情至于结局我想是
【3】小兰为了新一被GIN射中倒下死去 此时正好是23：59：59只差1S麻醉枪就可以使用第二回
由于柯南没有算好导致了小兰的死亡当GIN准备射杀灰原时正好也是第二天的凌晨柯南在千钧一发时射出了麻醉枪阻止了GIN的行动,但GIN的身体对药物的抗性非常强烈不久就会醒来柯南料到这里决定放弃这次对黑衣组织的全歼准备撤退，不料毛利小五郎出现拿枪瞄准了灰原，向灰原开了一枪，不料射中了要害，柯南瞬间心灰意冷，决定要放弃时，服部的出现使他看到生机，毛利小五郎看到服部后将枪口指向昏睡的GIN，叫了服部来救小兰和灰原，这是GIN从沉睡中苏醒后发现自己的上司用枪指着自己的头，便与毛利小五郎发生内讧，一直被蒙在鼓里的服部看到后。知道了大叔就是幕后黑手，服部急中生智看到手里有枪的大叔，大声的吼道GIN你被捕了，毛利小五郎看此情况有些不妙，况且GIN也别骗了，解释也没有用了，开枪射杀了GIN并拿起新一作为人质，来要挟服部。就在这关键时候！！神秘人登场了
驾着神秘的白翼闪过天空 将柯南和手枪夺走并将手枪指向毛利。地狱男爵asd85731236写
可是这一切都在毛利的预料之中因为毛利的枪里只有一颗子弹，毛利本身就备有一把DF风刀
并继续要挟灰原，灰原只剩一口气了，她对新一大喊别管我快跑吧！，毛利大声说：这才是我预料的结果，谁也别想阻止我的计划，眼看着可以使日本沦陷的黑色危机就要蔓延。可是年轻的侦探们却无能为力。
一粟黑色的光线打破了沉寂出现的黑衣人
他逆转了结局他是黑羽盗一也就是怪盗基德的父亲，驾着飞行器在黑色的天空演示下，使毛利没有一点察觉，盗一将DF风刀和灰原，兰从毛利手中夺取后飞向医院之后就是服部+基德+工藤VS毛利小五郎的对决！
【4】小兰听了新一的劝说穿了麻痹防弹衣避免了一死，灰原失意了看着新一的照片，柯南和兰结婚了，去了美国留学，听说是最后一集开头的介绍
我结合了一些青山刚昌对我透露的一些资料来拟编了一个结局，真正的结局于此89不离10
剧场版的名字是《VS！23h59m59s》 决斗地点是一栋废弃的大楼上 地狱男爵asd85731236
第4个回答 2010-02-26
我觉得柯南并没有变回新一，而是小兰自愿吃下了和新一的一样的药，变回儿时的样子。
第5个回答 2010-02-26
最出名的有三种结局：1.阿笠博士是幕后主使，灰原是黑暗组织卧底。
2，所谓的第981集，银色子弹的怒吼，少年侦探团被绑架，柯南独闯黑暗组织，组织的BOSS是智能电脑，毛利早就知道柯南的真面目，和小兰一起支援柯南，灰原为救柯南而死，柯南恢复为新一和小兰一起，出国到美国了。
3.大团圆结局，柯南灰原都没死，但还是小兰和新一最终在一起。
下面的比较长，喜欢柯南的就看看吧，顺便踩踩吧
下面是第1种：
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
柯南结局498话（2小时半特辑）内容完全披露 感人
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国**也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学."
感觉第一种结局怎么样？什么还有2种结局。这些结局不一定是真的。
感觉希望兰和新一(柯南？）在一起就好了，我是比较喜欢大圆满的结局的，就是第3种：柯南灰原都没死，但还是小兰和新一最终在一起。