不足的原因是多方面的，既有历史的背景，也有政策导向的问题；既有客观条件的限制，也有认识和理念上的误区，但主要是缺乏自主创新的动力、机制和政策环境。
(一)市场体制不完善，没有形成有效推进自主创新的体制和制度环境
社会主义市场经济体制不完善，没有形成公平竞争和讲究诚信的市场环境。知识产权保护制度尚不完善，尚未建立起有利于
自主知识产权产生和转移的法制环境。整个社会缺乏创新的文化氛围，培育创新人才和创新精神，尊重个性、恪守诚信、公平竞争、激励探索、提倡冒尖、宽容失败的良好的创新文化和创新环境还没有形成。
(二)政府作用和政策没有发挥好，有时甚至成为自主创新的障碍
虽然全国上下普遍重视和强调发挥“科学技术第一生产力”的作用，但有些地方和部门并没有把技术进步和创新放在经济社会发展的优先地位。
1.科技与经济结合问题尚未根本解决。科学技术与经济社会发展脱节一直是我国发展中的一个重要症结。虽然经济体制和科技体制改革已经进行了20多年，科研力量的主体已经进入
国民经济主战场，但是高层次的科技与经济结合的体制问题，深层次的科技与经济结合的机制问题尚未从根本上得到解决，适应社会主义市场经济体制、经济与科技相互促进的新型的科技体制和运行机制还有待于建立和完善。
2.政府在产业发展中职能
越位和缺位的现象并存。目前，各级政府仍然管了许多不应该管又管不好的事，而不少应该由政府管理的事却没有管好。政府在产业发展中职能越位和缺位的现象并存，制约了产业和企业的创新能力。职能越位表现在政府(主要是地方政府)部门过多地运用行政权力，干预企业经营活动，使
市场机制发生扭曲，破坏公平竞争的市场环境和创新环境；职能缺位则表现在政府对事关国民经济和社会发展的基础性和战略性产业缺乏统一规划，对支持产业创新的政策缺乏系统研究，对产业创新提供服务的功能弱化等。
3.相关部门之间和部门内部缺乏协调机制，影响了产业创新能力的提升和产业的发展。在宏观管理体制上尚未形成与之相适应的新的决策体制和组织机制，体制分割已严重地影响到国家统一意志的达成和重大
技术创新活动的有效组织，明显地削弱了国家科技的组织动员能力和协同集成能力，特别是长期以来条块分立、相互封闭的行政管理格局始终未能得到根本解决。在决策体制上，部门之间缺乏协调配合，难以在国家整体目标上形成一致和分工合作的机制，存在着以部门利益代替国家利益的倾向。决策权与责任不对等，没有形成与事权相一致的责任追究制度。在资源配置上，竞相争取财政资金，按各自的条条块块分配，造成在很多领域国家资金的重复配置和浪费。在重大科技项目的组织上，科技政策与
产业政策、投资政策、贸易政策、消费政策之间没有形成有机的衔接，甚至存在着相互矛盾和抵触的现象。与许多国家相比，我国科技管理体制的最大问题不是过于集中，而是比较分散。例如，软件产业
管理体系涉及多个部委，使权力和资源相对分散，增加了相互协调、配合的难度，一定程度上削弱了相关扶持政策的落实力度。
4.国家对一些重要产业缺乏对自主创新的总体部署和有效安排。部分战略性产业发展未能妥善处理好近期与远期、局部与整体的关系，难以形成统一的战略部署，也难以形成完整的创新链条。同时，共性技术的研发问题很突出，政府的重视与支持不够。
5.现行政策体系与支持自主创新导向不协调。我国产业创新的体制、机制还很不完善，提高产业自主创新能力受到很大制约。现行的政策体系，基本上以支持GDP增长为主，缺乏支持自主创新的明晰导向。特别是，有些政府部门把有限的资源用于规模扩张、增长速度，实际操作中对自主创新是抑制性的，对技术引进却是鼓励性的。主要表现是：政策体系结构不够合理；政策设计缺乏公平性；政策制订缺乏适应形势变化的调整机制；部分政策目标支持创新的导向不明确。
6.政府资金投入使用效率不高，重复浪费严重。目前，管理科研经费的部门主要有
发改委、科技部、科学院、教育部、基金委以及一些相关部委，但部门间协调不够，导致科研经费不能合理、有效地使用。各方面科技力量自成体系、分散重复，宏观统筹协调能力薄弱，科技资源配置分散重复，整体运行效率不高。一方面是资源不足，另一方面又是资源的重复，浪费非常严重①。例如，某种卫星接收站，美国只建设了16座就足够使用，而中国两年前就已有30座，仅北京就有8座，今后还可能再建50座。在
发达国家，大型科学实验
设备利用率比中国高5倍到6倍。由于多头管理，部门分割、行业分割、条块分割严重，科技资源配置方式、评价制度等不能适应科技发展新形势和
政府职能转变的要求。
(三)企业创新能力不足，创新的动力机制有待完善
我国企业研发机构数量较少，研发能力不足。在“
产学研”结合中，企业基本处于从属地位。企业普遍重生产轻研究开发，重引进轻消化吸收，重模仿轻创新，创新层次低，高端发明少。很多企业处在有“制造”无“创造”、有“产权”无“知识”的状态，一些企业甚至靠仿造和假冒生存②。
我国还没有形成真正能保护企业家利润动机的机制和规则。产权制度和
法人治理结构不完善，
管理制度和利益机制不健全，导致生产经营中的短期行为。重当前、轻长远，缺乏通过自主创新做强做大企业并实现持续发展的内在动力。
(四)大学和科研院所创新能力不足、创新机制不健全
目前，大学的科研力量还比较分散，科研工作缺少长期、持续发展的综合目标；科研规划与重点项目的整合程度不高，难以实现科技资源和成果共享，低水平重复的现象还时有所见；大学现有技术创新平台的综合性、交叉性、集成性以及国际化程度普遍较低，
交叉学科、新兴学科得不到强有力的投入和支持，科学研究、学科发展缺乏核心竞争能力；科研成果转化的资金匮乏，只有不到10%的科研成果或专利转化为现实生产力③。多年来，科研机构的研究开发活动，存在着单纯的技术导向倾向，注重技术参数、指标的先进性，但对市场需求和规律缺乏把握，其成果往往不具有市场能力。1999年开始的科研院所转制的总体情况是好的，但也还存在一些问题。由于生存压力，有些科研院所转制后科技活动的规模和水平出现较大下滑，短期行为严重，主要集中搞一些“短平快”的项目，忽视对基础性、共性技术的研究，影响发展后劲。
(五)学术腐败严重
社会上的过度追求名利和浮躁之风，也对科学界造成冲击。近年来，腐败和造假行为已经蔓延到教育界和学术界。一些人急功近利，科研成果粗制滥造，不顾科研工作的职业操守，弄虚作假，欺骗社会大众。学术腐败猖獗不仅是学者个人道德问题，更是一个社会转型时期的结构性和体制性问题。