把奖金当作加班费来发放，其实这是不合法的。按照国家有关规定，奖金和加班工资虽然同属于工资总额的构成部分，却是两个性质完全不同的概念。网页链接
加班工资是实行标准工作时间制度和经批准实行综合计算工时工作制的企业，按照法律规定向劳动者支付的延长工作时间的工资报酬。
奖金是用人单位支付给劳动者的超额劳动报酬和增收节支的劳动报酬，包括生产奖、节约奖、劳动竞赛奖、奖励工资和业务提成等。
加班工资是法定的，只要劳动者有加班，用人单位就应当按照相应标准支付加班工资。而奖金属于用人单位的自主权范围，用人单位可以根据本单位的生产经营特点和经济效益，自主确定奖金的发放与否。因此该单位以发放奖金为由，不给职工发放加班工资的做法是违法的。