仓山区因地处仓前山得名。古称藤山，明洪武年间（1368年）在藤山北麓建盐仓，俗称盐仓前，遂通称仓前山，简称仓山，区名由此而来。
1946年1月福州建市时即置仓山区，1949年8月17日解放后，仍为市辖区之一。1955年11月，设上渡、下渡、临江、仓前、麦园、藤山6个街道办事处。1956年5月，撤销水上区，并入仓山区，增设桥东、桥西两个街道办事处。1957年7月，桥东、桥西两个街道办事处合并为水上街道办事处。1958年1月，撤销藤山街道办事处，并入下渡街道办事处；撤销麦园街道办事处，并入仓前街道办事处。
1968年9月，仓山区更名为朝阳区。1970年2月，郊区行政办事处撤销，其所辖盖山公社并入朝阳公社，划归朝阳区。7月，闽侯县城门公社划归朝阳区。1975年5月，朝阳、城门公社划归郊区行政办事处。1978年7月，朝阳区复名仓山区。1987年12月，撤销水上街道办事处，增设对湖街道办事处。
1995年10月27日国务院（国函[1995]102号）批复同意调整福州市市辖区的行政区域，其中：仓山区辖仓前、对湖、临江、上渡、下渡、三叉街6个街道办事处，从原郊区划入的建新、仓山、盖山、螺洲、城门5个镇。区人民政府驻地不变。1996年1月市区行政区划调整后，仓山区从原郊区划入建新、仓山、盖山、螺洲、城门5个镇，从鼓西街道划入农大居委会。
2000年，仓山区辖7个街道、5个镇：仓前街道、下渡街道、临江街道、三叉街街道、上渡街道、对湖街道、东升街道、建新镇、仓山镇、盖山镇、城门镇、螺洲镇。
根据第六次次人口普查数据：总人口762746人，其中：仓前街道 24537人、东升街道 9270人、对湖街道 27030人、临江街道 22131人、三叉街街道 20291人、上渡街道 12569人、下渡街道 32312人、仓山镇 46264人、城门镇 90302人、盖山镇 88931人、建新镇 64359人、螺洲镇 19666人、福建师范大学虚拟街道10472人、福建农业大学虚拟街道 9241人、红星农场虚拟镇 4664人。
2001年，仓山区行政区划一览表（资料截止日期： 2001年12月31日）：
镇（街道办事处）名称 政府（办事处）驻地 面积（平方千米） 户数 （户） 人口（人） 居委会（个） 村委会（个）
对湖街道办事处 马厂街15号 1．2 6511 18322 7
下渡街道办事处 工农路64号 1．78 7711 23332 3
上渡街道办事处 李厝山路16号 1．51 5747 16923 16
仓前街道办事处 公园路36号 1 8527 24524 9
临江街道办事处 东窑街5号 0．85 7701 22141 8
东升街道办事处 东园一路25号 1．3 2649 8606 3
三叉街街道办事处 三叉街新村 2．17 4619 15162 7
建新镇 洪塘路 39．6 10984 38154 3 39
仓山镇 首山路19号 5．3 3823 10832 2 11
盖山镇 盖山路1号 36 17262 63054 1 30
城门镇 敖里村 48 17330 67422 25
螺洲镇 螺洲街 3．7 2814 9454 1 7
合计 142．41 95678 317926 60 112
2003年，根据省政府《关于福州市调整仓山区部分行政区划设立金山街道办事处的批复》（5月 日 闽政文[2003]134号）和福州市人民政府《关于调整仓山区部分行政区划设立金山街道办事处的批复》（6月26日 榕政综[2003]155号），调整仓山区部分行政区划，设立金山街道：从建新镇划出卢滨、后曹、潘边、石边、新颐、上雁、葛屿、闽江、刘宅9个村，从仓山镇划出燎原村，从上渡街道办事处划出横江居委会，设立金山街道。
金山街道办事处四至范围为：东至闽江北港，西至闽江南港，南至浦上路，北至金山大道。金山街道办事处驻金山生活区风荷苑1号。行政区划调整后，仓山区辖8个街道、5个镇：仓前街道、下渡街道、临江街道、三叉街街道、上渡街道、对湖街道、东升街道、金山街道、建新镇、仓山镇、盖山镇、城门镇、螺洲镇。共有99个居委会、107个行政村。
2004年，全区辖8个街道、5个镇，共有52个社区和112个行政村。总人口48万。
