一是土地管理严格控制与地方经济社会发展相矛盾。大部分地区发展经济对土地的根本依赖仍然存在，特别是一些经济欠发达乡镇，原本二、三产业发展就相对落后，要想保持经济发展高位增长，完成上级下达的经济增长指标，只能向土地要钱；同时，随着新农村建设的不断推进，村里为尽快获得奖励资金，大干、快干上了一批设施建设，出现了一些基础设施重复建设现象，大量土地被侵占。
二是村镇建设缺乏规划，或规划水平不高，实际用地与用地规划不匹配，土地利用随意性大。小城镇建设规划水平不高，随意性大，如将拆迁安置小区规划在污染企业旁边，待规划调整又需要一段时间，有些地方等不到规划调整未经审批就在异地建设，给土地管理留下后遗症；随着社会主义新农村建设的深入推进，农村各项基础设施建设占用大量农村土地，虽然新农村建设要求规划先行，但由于一些规划企业只追求眼前经济利益，对村庄建设规划不够重视，合着当地干部和群众要求随意圈地搞基础设施建设；村庄合并后，人口转移机制相对滞后，规划在合并的几个村中间圈地新建办公大楼、公共设施现象普遍存在，大量耕地被占用，而实际使用率较低。
三是基层干部群众土地管理知识缺乏，土地违法行为时有发生。农村干部群众依法用地意识不强，村民宅基地审批把关不严，违法用地现象时有发生。如部分村民误认为土地承包后即依法取得了土地使用权，部分村民认为老屋翻建中人不超出原有宅基地范围，无须办理用地审批手续。农村基层组织一些领导越权批准村民建房，擅自表态越权同意村民建房。同时，农村干部为增加村级收入，以出租非量化土地方式获取上交款，把山脚、岸线附近闲置土地擅自出租他人建厂房、码头，在土地管理部门执法过程中多有发现。
四是土地管理执法不严。部分地区在经济发展指标的压力下，给土地管理部门施压，一定程度了淡化了执法；同时，从违法用地行为查处来看，责令停工通知书等很难见到成效，而强制执行从立案到依法执行完毕，一般需经过责令停工、调查、告知、作出处罚决定、申请法院执行、法院公告及正式执行等程序，最快也得花费三个月的时间，削弱了土地执法的打击力度；目前一些违法用地行为与非法辟山、造码头等行为有关，牵涉多个部门，有关部门单独执法，行政执法效率较低。
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