远古时期属禹贡梁州之域。
秦和西汉时期为巴郡地。
东汉时期和帝永元年间（公元89年至105年）始置汉昌县。东汉东汉建安六年（公元201年）改属巴西郡，后继属宕梁郡，又先后置归化郡、大谷郡。
南北朝时期北魏宣武帝延昌3年（公元514年）首置巴州。1993年7月5日设立巴中地区。巴中地区辖原达川地区的巴中市、通江县、南江县、平昌县，巴中地区行政公署驻巴中市。
2000年6月14日撤销巴中地区和县级巴中市，设立地级巴中市。市人民政府驻新设立的巴州区。(2)巴中市设立巴州区，以原县级巴中市的行政区域为巴州区的行政区域。区人民政府驻巴州镇。(3)巴中市辖原巴中地区的南江县、平昌县、通江县和新设立的巴州区。
2013年元月18日，设立恩阳区，这也是2013年中国唯一获批的成建制县级区，至此，巴中行政区划变更为三县两区（平昌县、通江县、南江县、巴州区、恩阳区）
巴中历史悠久，早在原始社会就有人类活动。东汉永元年间置汉昌县，建安六年改属巴西郡，北魏置巴州。巴人部族素以英勇善战，能歌善舞而著称。汉高祖刘邦在南江大坝建牟阳城筑巴峪关，萧何月下追韩信至截贤岭（误传，实际上在汉中留坝），张飞夜袭巴州智擒严颜。魏武帝曹操与张飞交战汉水，直逼张鲁退兵巴州，境内始建于梁魏、盛镌于唐代的南龛、西龛、北龛、水宁寺等地的摩崖造像多达5210余龛、7200余尊，以布局精巧、艺风平实而著称，再现了唐代辉煌的宗教艺术，被国内外专家誉为“巴中盛唐彩雕全国第一”，是全国十大石窟之一。