1999年我国地质勘查体制改革以来，地勘工作体制由计划经济体制向市场经济体制过渡，实行商业性与公益性地质工作分体运行。在改革过程中，公益性地质工作的深层次矛盾日益凸现，旧的问题没有彻底解决，新的问题层出不穷，具体表现在以下几个方面。
1.转型期的公益性地质工作体制与机制不顺
长期以来，地质工作一直在计划经济体制下运行，为国家经济发展做出了巨大的贡献。但是，这种运行方式已经不能适应新形势的需要，新的管理体制和运行机制还在摸索过程之中。近年来，地质工作管理体制与运行机制进行了较大的改革，取得了一定的成绩，但总体来说，现有的地质工作管理体制与社会主义市场经济不相适应，具体表现在：①公益性与商业性地质工作、中央与地方投资的公益性地质工作仍然在混合运行；②由于地勘单位改革不到位和缺乏完善的市场环境，商业性地质工作没有全面开展；③公益性地质工作缺乏固定的经费支持渠道，投资分散；④公益性地质工作成果没有全面实现社会化服务。
（1）中央和地方公益性地质工作的职责不清
首先，由于中央财政在公益性地质工作上“大包大揽”，影响了地方财政投资公益性地质工作的积极性。其次，在公益性地质工作的投入上，中央和地方公益性地质工作没有明确的分工，往往造成国家财政资金重复投资和浪费。
（2）公益性地质工作缺乏统一组织、统一部署
据2001年不完全统计，中央财政支持的国家地质工作专项经费约15亿～16亿元，其中包括国土资源部调查专项中的地质大调查专项、由财政部和国土资源部共同管理的矿产资源补偿费、由财政部直接管理的地质专项资金，以及由中国地质调查局组织实施的其他国家财政专项。中央财政支持的公益性地质工作分别由上述三个部门组织实施，尚未实现统一组织和统一部署，致使工作重复现象严重，效率低下。
计划经济时期我国的地质工作分头进行，形成了地质矿产、石油、冶金、有色、煤炭、化工、建材、武警黄金部队等众多的地质勘查队伍。这些队伍自成体系，在为国家的经济建设做出重大贡献的同时，也给市场经济条件下开展公益性地质工作造成了很大困难，部门间的平衡造成经费的大量分散，地质工作的统一部署遇到很大困难，工作成果的共享也成为老大难问题。
（3）公益性地质工作投入缺乏长效机制
目前，中央财政对国家公益性地质工作投入所实行的项目专项管理办法，不符合地质工作运行的规律。公益性地质调查队伍缺乏经常性工作经费、基建费、装备费，缺乏经常性的更新机制，不利于地质工作的长期、稳定发展。
由于中国地质调查局直属单位存在经常性费用严重不足的状况，导致收入分配过分依赖项目经费，直接影响到公益性地质调查成果对社会公开服务的动力机制；设备陈旧、离退休人员包袱沉重、医疗费不足等影响了地质调查工作的正常运行。这些问题，有的可以通过自身努力可以解决，但很多问题的解决受国家事业单位改革进程的限制，需要有一个长期改革、调整的过程。
2.公益性地质调查队伍建设和人才问题日益突出
自1999年我国地勘队伍属地化以来，属地化的省级公益性地质调查队伍与中国地质调查局处于这样一种特殊关系中，即两者之间是项目联系、业务指导、互不隶属、合同制约。从近年运行的实际效果来看，公益性地质工作的管理机构与主要的实施单位相分离，显露出许多体制上的弱点。由于管理方与项目实际承担方是互不隶属的甲乙关系，致使在项目选择上，部门间的竞争和平衡冲击了统筹安排，损害了公益性地质工作的事业体制；在项目管理上，体制和机制不顺加大了管理成本；在工作质量上，应付交差的心理冲淡了工作责任心和诚信，省级地质调查院成了雇佣军，难以考虑适合本地区实际的公益性地质工作，更没有人来考虑全国性的重大问题；作为地质调查的组织实施者，中国地质调查局的实际地位离国家级的地质调查研究实体越来越远。
由于我国地质工作处于体制转换时期，中国地质调查局的直属队伍是在以原地质矿产部系统的科研单位为主的事业单位基础上合并形成的，队伍规模过小，专业结构不尽合理，尤其是缺乏从事野外区域地质调查工作的人员，难以满足当前的需要。
省级公益性地质队伍建设虽然取得了重要进展，但进度参差不齐。这支队伍大多数从各属地化地勘单位分离出来的，队伍建设受地勘单位企业化改革进程和产业结构调整等诸多因素影响。由于各地实际情况不同，有些省级地质调查机构建设已有实质性进展，但大部分没有做实，全国2/3的地质调查院处于非实体或半实体状态。其次，队伍管理关系复杂。隶属于地质勘查局的公益性地质调查单位，虽然可以在省局范围内配置资源，利用以前积累的资料成果、技术和人才，但实际上目前很难实现独立运行，在资料的提交、公益性成果的共享方面，只有利于地质勘查局自身的局部利益，不利于大调查成果的整体利益；真正形成独立的公益性地质调查队伍的过程较长，受地勘单位企业化进程影响较大。隶属于省级国土资源主管部门的公益性地质调查单位有一定的独立性，但也存在目前事业单位的一些共性问题，同时在成果资料、技术继承性方面受到一定的损失。由于改革没有完全到位，属地化的地质勘查队伍一方面承担公益性地质调查任务，另一方面面临企业化的挑战，即地质勘查队伍面临事业和企业改革的双重压力，从而很难真正做到公益性地质调查成果为社会服务。其结果是，公益性地质工作与商业性地质工作虽然在投资主体上分开了，但在工作内容、队伍建设上尚未完全分开。省级公益性地质调查队伍组建现状表明，现阶段要将地质队伍完全分离成为公益性和商业性两支地质队伍，在实际操作上存在很大的困难。
从近年地质大调查实施情况来看，实际承担国家公益性地质调查工作的单位有中国地质调查局所属的27个直属单位、行业地质调查机构、地方地质调查机构（地质调查院）。据统计，目前每年参与公益性地质调查工作的人员约2万人。在这2万人中，中国地质调查局直属单位只有6500人，其中承担地质调查研究工作的仅有3500人（真正从事野外工作的人更少），其余主要从事科研、技术和服务工作。中国地质调查局直属队伍承担大调查任务的人数仅占总人数的12.5%；而各地质调查院和地质勘查的工业部门承担大调查任务的人数分别占80%和7.5%。因此，中国地质调查局直属队伍还没有真正成为公益性地质调查工作的主体。大多数省级公益性地质调查队伍具有双重的特性，既承担公益性地质工作，又面临企业化的压力。在这种情况下，难以实现成果共享。
我们进一步分析中国地质调查局直属单位的队伍结构，其中人才结构问题十分突出。截止到2002年9月，地质调查局及局属单位共有在册职工6413人。其中从事管理工作的1057人，占17%；从事专业技术工作的3160人，占49%；从事经营开发工作的1115人，占17%；从事后勤服务工作的1081人，占17%。从学历来看，具有博士学位的315人，占5%；具有硕士学位的498人，占8%；具有本科学历的1962人，占31%；大专及以下学历的3658人，占56%。具有高级技术职称的2077人，占33%；具有中级技术职称的1671人，占26%；具有初级技术职称的915人，占14%；无技术职称的1750人，占27%。人才结构呈倒金字塔型分布，极不合理。
从年龄结构来看，30岁以下的620人，占10%;31～40岁的2172人，占34%;41～50岁的2405人，占37%;50以上的1216人，占19%。
从专业结构来看，固体矿产地质调查206人，区域地质调查152人，地球物理化学勘查522人，水工环434人，探矿工程26人，海洋石油44人，基础地质研究194人，实验测试459人，信息网络技术109人，图书资料196人，其他专业363人。
与国家经济和社会发展对地质工作需求相比，我国公益性地质调查队伍人才总量相对不足，缺乏从事野外地质调查研究的领军人、学科带头人及中青年拔尖人才，缺少在国内和国际上有影响的地质调查专家。
公益性地质队伍“老化”问题比较严重。目前从事野外工作的35岁以下人员严重短缺，出现断层。专业技术人员相对较少，管理、经营、后勤服务人员相对较多。在专业技术人员中，既能从事研究、又能胜任野外调查工作的人员较少，野外一线专业技术人员严重短缺。
3.地质工作程度中等偏低，科技水平有待提高
地质工作的本质是采集、处理与解释地学数据，包括调查和研究两块互不可分的内容。一个国家的地质工作水平不能从一两项科研成果或一幅地质图的质量来反映，而必须通过这个国家的地质资料积累（工作程度）、数据质量、研究水平等多方面综合体现。美国地质调查局成立于1879年，已经有100多年的历史。在这100多年时间里，美国地质调查局进行了大量的地质调查工作，全国地质填图工作的基本比例尺已经达到1:24000（个别州为1:100000），远远大于我国。目前，美国地质调查局正在将地质、矿产、水、生物、测绘、地震等各个专业的数据集成在一起，形成国家层面的电子“地图集”，向社会提供更高水平的信息服务。
近年来，随着信息技术的推广，我国在地学信息数字化、数据库建设方面取得了很大进展，各种比例尺的数字化地质图已经编制完成；在国家科技项目的支持下，我们的基础地质研究成果也开始大量地在国际刊物上发表，有些甚至在《《科学》和《自然》这样的顶级刊物上发表；我们的野外地质调查数字采集系统已经开始推广，形势令人振奋。但是，容易被忽视的一个问题是，地学不同于其他行业，其发展是不能采用跨越式模式的，地学基本建设毕竟还没有完成，基础地质调查工作程度偏低，质量缺乏保障。在这种条件下，当务之急是尽快“补课”，完成基础地质调查工作的“原始积累”。当然，信息技术和勘查技术的发展，加快了这种原始积累的进程。
除了地球化学填图工作以外，我国大多数勘查技术领域在国际上处于一般水平和落后水平，地球物理、遥感的关键技术需要从国外进口，难以达到一流水平。我国一直没有产生在世界上被普遍接受的重要地质理论。据中国科学院资源环境科学信息中心依据美国科学信息研究所（ISI）的基本科学指标（ESI）数据库2005年9月1日公布的数据分析表明， 1995年1月1日至2005年6月30日，在地球科学领域（Geosciences），全球SCI论文共224805篇，共被引用1684579次，篇均被引7.49次；中国学者发表的论文收录数为10404篇，居全球第9位，总被引频次为42897次，居第12位，而篇均被引频次为4.12次，居第72位。这在一定程度上说明了我国地质科技有许多“泡沫文章”，是一种“虚假的繁荣”，是一种急功近利的体现。
表7-11993～2003年国际固体地球科学领域论文总被引频次最高的前20名科研机构
（引自肖仙桃、孙成权，2005)
最近，国际地学界评出200多名优秀科学家，中国学者无一人入选。美国科学信息研究所（ISI)2001年公布的研究结果表明，过去20年在国际地学领域有重要影响的246名著名科学家主要分布在以美国为主的10个西方发达国家，其中美国占70%。环境/生态学领域有重要影响的246名著名科学家主要分布在以美国为主的19个国家，其中美国占67%。ISI 2003年11月1日公布的引文数据表明，1993年1月1日至2003年8月30日在地学领域论文被引频次居前1%的研究机构共有326个。其中，在发文量（成果产出）最多的前40个机构中，美国占28个，法国有3个，英国、澳大利亚各2个，瑞士、俄罗斯、加拿大、德国、日本各1个。其中最值得我们注意的是，美国地质调查局在国际地球科学中的地位（表7-1），其1993～2003年间论文被引频次高达46303次，在全球地球科学机构中，居第5位。
在环境/生态领域，论文被引频次居前1%的研究机构共有369个。其中，在发文量最多的40个机构中，美国有26个，加拿大4个，瑞典2个，荷兰、西班牙、澳大利亚、俄罗斯、英国、法国、中国（中国科学院）、芬兰各1个。在国际地学、环境/生态学领域中，美国是拥有著名研究人员和著名研究机构占绝对多数的国家。在拥有著名科学家的数量、著名科学机构的数量、著名机构的科学产出以及成果的影响方面，中国与美国等先进国家相比有明显的差距。
由于受到前苏联地质工作和科技工作管理体制的影响，我国的地质调查工作与地质科研工作长期以来分别由地质勘查单位和科研单位承担，科研与调查的结合问题便由此而成为老大难问题。尽管对这一问题的解决呼吁了多年，但由于体制没有理顺等原困，当前这一问题仍然十分严重。
实际上，这种科研与调查分离的状况是固然与受前苏联的管理模式影响有关，但更重要的原因是多年来没有根据形势的变化调整思路，改变管理模式。中国地质调查局各直属队伍之间目前专业分布不合理，特色不突出，定位不准确，人员结构失衡，高素质人才匮乏，地质科技成果推广应用缺乏有效的形式与机制，这些都在一定程度上影响了科研与调查结合的推进。各省级地勘单位属地化管理后，中国地质调查局与他们之间为“项目联系、业务指导”的关系。这种状况，在一定程度上加剧了地质调查与科研的脱节。在欧、美各国，地质调查机构的定位一般为国家级的科学机构，科学研究蕴藏于调查工作之中，调查是科学工作的组成部分。在这些国家很少提到科研与调查结合的问题，因为在体制上科研已经与调查合为一体，需要解决的只是专业之间的合作以及工作方式的问题。
4.地质调查成果服务水平不高
调查是公益性地质工作的过程，而服务才是公益性地质工作的最终目的。地质调查成果的社会化服务是公益性地质工作的主要任务之一。
全国地质资料馆目前共有馆藏地质资料9万多份。在地质调查工作的框架内，经过几年努力，目前已初步建成8个基础地质数据库。一是全国1:50万数字地质图空间数据库；二是全国1:20万地质图空间数据库；三是1:5万数字地质图空间数据库；四是全国区域重力数据库；五是原地质矿产系统矿产地数据库；六是1:250万地质图空间数据库；七是电法勘查数据库；八是专题图空间数据库。
中国地质调查局发展研究中心提供的资料显示，2005年全年共提供资料服务12375份次，按365天计算，每天平均服务量34次；提供各类基础地学数据与数字图件服务15200幅次（折合成1:20万图幅）。
在有关法规的框架内，建成的数据库已向政府部门、科研单位、大专院校、地质调查项目承担单位等提供服务。如，全国1:50万地质图数据库已向有关政府部门和单位提供240多套；全国1:20万地质图空间数据库已向社会提供了370多张数据光盘；区域重力数据库多次按需求提供数据加工产品等。从以往地质调查成果服务对象统计结果来看，目前主要用户仍是专业地质调查工作人员，与社会需求和发达国家情况相比，面向其他产业部门和公众的服务远远不够。
地质调查成果未能全面实现社会化服务，其主要原因表现在：一是在地质工作体制由计划经济向市场经济转换的过程中，有些单位和个人观念陈旧，以垄断成果资料数据为手段，维持其学术地位。二是法规之间的矛盾成为地质成果社会化服务的严重障碍。有关保密规定与相关公益性地质成果资料的信息服务规章存在矛盾，地质资料涉及地理底图的保密问题，致使有关规定确定的公益性地质资料难以向社会提供广泛服务。同时，地质资料保密规定不具体，在实际工作中难以把握，使保密问题成为地质资料社会化服务的一大制约因素和障碍。三是由于承担公益性地质工作的某些省级地质调查队伍，既是公益性队伍，又是商业性队伍，致使其在调查成果的使用上不仅具有优先权，而且常常以各种手段设置重重障碍，将资料占为己有，不愿公开。四是技术手段落后，软硬件均不适应最大程度开放公益性地质工作成果、资料数据服务社会化的需求。这与发达国家地质调查机构的信息服务形成了鲜明的反差（专栏7-1）。
专栏7-1 澳大利亚地质调查局2002年在线免费产品目录
（1）某些小比例尺地形数据和专题地图产品（另有CD-ROM，但需按定价购买）；
（2)1:25万地质图（在线产品为纸质图件的扫描图像，采用压缩的JPEG格式；主渠道为纸质彩印图，需按定价购买）；
（3）全国航空地球物理数据库；
（4）全国重力数据库（另有CD-ROM出售）；
（5)OZCHEM澳大利亚全国岩石地球化学数据库（另有CD-ROM出售）；
（6)OZMIN Oracle相关数据库（包含澳大利亚的矿床地质和资源信息，涉及60个矿种的1000多个矿床；另有CD-ROM出售）；
（7)MINLOC数据库（包含73000多个矿点的简要信息；另有CD-ROM出售）， OZCHRON全国地质年代数据库（另有CD-ROM出售）；
（8）陆上深地震反射剖面图（包括陆上地震反射剖面的位置和选出的若干地震剖面的扫描图像）；
（9）海洋调查船深地震测量航迹；
（10）地质灾害风险等值线图；
（11）地震数据库空间呈现图；
（12）澳大利亚滑坡数据库。
作为经济社会发展的支撑，公益性地质工作存在与发展的基本条件必须得到社会和政府管理部门的认可。提供高质量、及时、可靠的地质信息产品与服务是得到这种认可的最重要途径。因此，公益性地质工作成果社会化服务是关系到地质工作生存发展的重大问题。
5.公益性与商业性地质工作缺乏有效衔接
目前，我国公益性地质工作与商业性地质工作有一个相当大的重叠范围。如何看待这种重叠关系？公益性地质工作做到什么程度？仍然是一个有争议的问题。公益性与商业性地质工作虽然与比例尺有关，但地质调查工作比例尺并不是划分公益性和商业性地质工作的标志。随着经济社会的发展，以及商业性地质工作成熟程度的不同，公益性地质工作的范围可能要作适当调整。
从实际情况来看，公益性与商业性地质工作在运行机制上还没有完全实现分开，形成了一定的混乱局面，主要表现在对成果的处置上。例如，由国家出资的地质大调查工作属于公益性工作，但对大调查所产生的矿权没有明确的管理机制。一方面，地质大调查中所产生的矿业权，只统计其实物成果作为业绩上报，国家还没有将其当作财产权处理，往往被承担单位占有，不承认国家出资与企业出资或社会投资的差别；另一方面，有的地方政府一律没收矿权，全部用于招拍挂，不承认地质勘查单位的知识劳动价值，极大地打击了地勘队伍的积极性。此外，对商业性矿产勘查主体完成的基础地质调查资料，也没有规定如何保护，如何上交，往往是放任自流。因此，实现地方公益性队伍所掌握的公益性地质调查成果共享存在巨大的困难。
由于矿业市场化程度较低，商业性矿产勘查投资主体存在初级化状态，具体表现在：一是没有强大实力投入风险找矿；二是难以支撑社会对矿业的需求；三是缺乏有利的投资环境和政策。商业性矿产勘查工作处于初级状态，对公益性地质工作的发展缺少驱动力。
从商业性地质工作来看，地质勘查队伍属地化五年来，由于矿业要素市场启动缓慢，地质勘查单位用放慢转企步伐来争取生存空间，事企不分基本格局不变，从而使地勘队伍面临国有企业改革和事业单位改革的双重压力。地质勘查单位处于两难的境地，保留事业体制，必然降低市场竞争力，有些企业式操作也无法进行；彻底转为企业，人均经营性资产很低，历史遗留问题太多，离开地勘费用，难以支撑。因此，当前，我国需要有不同规模、不同专业分工的矿业公司、勘查公司及技术咨询机构来促进商业性地质工作的发展。
表7-2 我国不同经济类型企业勘查许可证发放情况
从近年勘查许可证的发放情况来看（表7-2），国有企业获得勘查许可证的比例逐年降低，从2000年的81.1%下降到2003年的59.74%；有限责任公司、股份有限公司、私营企业获得勘查许可证的比例均逐年增加，如有限责任公司获得勘查许可证的比例从2000年的2.72%上升到2003年的12.62%，股份有限公司由2000年的1.18%上升到2003年的6.37%，私营企业由2000年的2.8%上升到2003年的10.13%。但是，我国非国有经济企业进入矿产勘查领域的总量仍偏小。
由于商业性矿产勘查市场不发育，地勘单位在改革过程中持“观望”态度，很多队伍千方百计进入公益性队伍，即使进不了公益性队伍，也要想尽一切办法承担公益性地质调查任务。某些队伍具有“公益性”和“商业性”的双重身份，他们不愿将调查成果公开，并将公益性调查成果占为己有，这在很大程度影响了公益性地质工作的发展。
客观地说，当前商业性地质工作发展比公益性地质工作难度更大，在这种情况下，应优先理顺公益性地质工作的有关问题，主动与商业性地质工作对接，为商业性地质工作做好服务。商业性地质工作与公益性地质工作最主要的边界问题是矿权，当前对公益性地质工作矿权没有明确的处置方式，极大地影响了商业性地质工作的发展。