喀纳斯湖另一奇观是变色，被称之为“变色湖”。春夏时节，湖水会随着季节和天气的变化而变换颜色。从每年的4、5月间开化到11月冰雪封湖，湖水在不同的季节呈现出不同的色彩。5月的湖水，冰雪消融，湖水幽暗，呈青灰色；到了6月，喀纳斯湖湖水随周山的植物泛绿，呈浅绿或碧蓝色；7月以后为洪水期，上游白湖的白色湖水大量补给，由碧绿色变成微带蓝绿的乳白色；到了8月湖水受降雨的影响，呈现出墨绿色；进入9、10月，湖水的补给明显减少，周围的植物色彩斑斓，一池翡翠色的湖水光彩夺目。关于变色湖的原因是季节变化所引起上游河水所含矿物成分多少的缘故；而与周围群山植物随季节变化的不同色彩倒映在湖中，以及阳光角度变化和不同季节的光和作用对湖水的影响也有一定关系。其主要是喀纳斯湖水来源于友谊峰南坡的喀纳斯冰川，当冰川作用于周围由浅色花岗岩组成的山地时，冰川掘蚀携带的花岗岩岩块经挤压研磨成白色细粉末混合于冰层内，炎热的夏季夹带有白色细粉末的冰川融化，大量的呈乳白色的冰川融水和雨水进入喀纳斯河，流进阿克库勒的湖（白湖），阿克库勒湖的乳白色水再流向下游汇入喀纳斯湖，这就是喀纳斯湖在7—8月变为白色的原因。每年12月份封冻后，喀纳斯湖又像一面白色的水晶镜，当地牧民用爬犁在湖面上运送物品或进行滑雪滑冰。另外，在不同的天气、从不同的角度去看喀纳斯，特殊的水质与天色和山色相互折射而产生不同的色彩。由于喀纳斯湖被群山环抱，在高原蓝天白云的大背景下，湖水受阳光和云团的映射，又将周围的山色反射在湖中，湖水会随着天空云朵的变化和阳光下山色的明暗交替，变化万千，斑斓流彩。
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