对此，众说纷纭，接受度最高的是：
1、手稿笔记是一些失败的演算手稿
2、稿笔记可能是有关研制核武器的方法
3、手稿笔记可能是有关时空穿越的方法（源于费城实验）
参考资料：
阿尔伯特·爱因斯坦（Albert.Einstein，1879年3月14日—1955年4月18日），出生于德国符腾堡王国乌尔姆市，毕业于苏黎世联邦理工学院，犹太裔物理学家。
爱因斯坦1879年出生于德国乌尔姆市的一个犹太人家庭（父母均为犹太人），1900年毕业于苏黎世联邦理工学院，入瑞士国籍。1905年，获苏黎世大学哲学博士学位，爱因斯坦提出光子假设，成功解释了光电效应，因此获得1921年诺贝尔物理奖，1905年创立狭义相对论。1915年创立广义相对论。1955年4月18日去世，享年76岁。
爱因斯坦为核能开发奠定了理论基础，开创了现代科学技术新纪元，被公认为是继伽利略、牛顿以来最伟大的物理学家。1999年12月26日，爱因斯坦被美国《时代周刊》评选为“世纪伟人”。
参考资料：百度百科：爱因斯坦
一：手稿笔记可能是有关研制核武器的方法。
我们应该知道原子弹爆炸理论是根据爱因斯坦的质能方程式推算出来的。二战时期，当美国把原子弹投放到日本广岛和长崎之前，深知原子弹爆炸威力的爱因斯坦竭力反对。可是蘑菇云似的两大核制品，让日本广岛和长崎化为废墟的悲剧仍旧发生了。作为和平爱好者的爱因斯坦痛心疾首，晚年时常自责自己的研究理论给人类带来了灾难。所以说他烧毁的有可能是有关原子弹制造的理论手稿。
二：手稿笔记可能是有关时空穿越的方法
从各大媒体网站流传出的各种有关时空穿越的描述来看，时空穿越的便捷会带来历史的更改，也会带来引发世界灾难的契机。而爱因斯坦早些年在美国服海军役期间，曾做过的“费城实验”就类似于时空穿越。
先简单说一下什么是“费城实验”:
美军曾经在第二次世界大战时，让爱因斯坦研究过一个研制杀伤性武器的实验，在一个长为94米的驱逐舰上放上3000多个电磁放大器，还有其它的一些设备，一切准备就绪之后，负责人按下了电磁起动开关。一会儿以后，奇怪的事发生了:船慢慢地被一层绿色的烟雾蒙住，船上的一切都变得模糊起来，紧接着船开始变形，忽隐忽现，到后来船竟然完全消失了，最后出现在了几百公里之外的诺福克港口。船上的船员事后回忆说，有一段时间他们的身体与船完全融合在一起，后来下了船之后这些人还会时不时地从一个地方突然消失到了另外一个地方。爱因斯坦意识到了这次实验的严重性，在他晚年去世之前恰好推算出了时光穿越的具体操作步骤，为了不让自己的研究成果落到以利益为驱动的美国政府手里，做出对人类不好的事情，爱因斯坦烧毁了有关这次实验的一切计算手稿以及很多重要的手稿。
三：手稿笔记是一些失败的演算手稿。
爱因斯坦晚年的主要研究领域在统一场论，尽管聪明如他，却到死都没有研究明白。霍金的《时间简史》，其中有一段是这么介绍爱因斯坦的：爱因斯坦病重的那个下午，他在再三请求征得护士的同意后，从病床上坐起，拿起纸、笔以及他的小桌子开始了他生命中最后一次的演算。他思路清晰、笔迹工整地写下一行行的公式，这是他最后的努力，经过一段时间的演算之后，爱因斯坦知道这一次他又未能成功，他累了，于是休息了一会，当天晚上他就去世了。
参考来源：下一个爱因斯坦何时出现?新浪科技
本回答被网友采纳1905年，爱因斯坦发表了关于狭义相对论的第一篇文章后，并没有立即引起很大的反响。但是德国物理学的权威人士普朗克注意到了他的文章，认为爱因斯坦的工作可以与哥白尼相媲美，正是由于普朗克的推动，相对论很快成为人们研究和讨论的课题，爱因斯坦也受到了学术界的注意。
1907年，爱因斯坦听从友人的建议，提交了那篇著名的论文申请联邦工业大学的编外讲师职位，但得到的答复是论文无法理解。虽然在德国物理学界爱因斯坦已经很有名气，但在瑞士，他却得不到一个大学的教职，许多有名望的人开始为他鸣不平，1908年，爱因斯坦终于得到了编外讲师的职位，并在第二年当上了副教授。1912年，爱因斯坦当上了教授，1913年，应普朗克之邀担任新成立的威廉皇帝物理研究所所长和柏林大学教授。
在此期间，爱因斯坦在考虑将已经建立的相对论推广，对于他来说，有两个问题使他不安。第一个是引力问题，狭义相对论对于力学、热力学和电动力学的物理规律是正确的，但是它不能解释引力问题。牛顿的引力理论是超距的，两个物体之间的引力作用在瞬间传递，即以无穷大的速度传递，这与相对论依据的场的观点和极限的光速冲突。第二个是非惯性系问题，狭义相对论与以前的物理学规律一样，都只适用于惯性系。但事实上却很难找到真正的惯性系。从逻辑上说，一切自然规律不应该局限于惯性系，必须考虑非惯性系。狭义相对论很难解释所谓的双生子佯谬，该佯谬说的是，有一对孪生兄弟，哥在宇宙飞船上以接近光速的速度做宇宙航行，根据相对论效应，高速运动的时钟变慢，等哥哥回来，弟弟已经变得很老了，因为地球上已经经历了几十年。而按照相对性原理，飞船相对于地球高速运动，地球相对于飞船也高速运动，弟弟看哥哥变年轻了，哥哥看弟弟也应该年轻了。这个问题简直没法回答。实际上，狭义相对论只处理匀速直线运动，而哥哥要回来必须经过一个变速运动过程，这是相对论无法处理的。正在人们忙于理解相对狭义相对论时，爱因斯坦正在接受完成广义相对论。
1907年，爱因斯坦撰写了关于狭义相对论的长篇文章《关于相对性原理和由此得出的结论》，在这篇文章中爱因斯坦第一次提到了等效原理，此后，爱因斯坦关于等效原理的思想又不断发展。他以惯性质量和引力质量成正比的自然规律作为等效原理的根据，提出在无限小的体积中均匀的引力场完全可以代替加速运动的参照系。爱因斯坦并且提出了封闭箱的说法：在一封闭箱中的观察者，不管用什么方法也无法确定他究竟是静止于一个引力场中，还是处在没有引力场却在作加速运动的空间中，这是解释等效原理最常用的说法，而惯性质量与引力质量相等是等效原理一个自然的推论。本回答被网友采纳