清朝学术兴盛，文人学者对明朝以前各朝代的种种学术都加以钻研、演绎而重加阐释，集历代之大成，
梁启超称清朝为中国的“文艺复兴时代”[13] 。鉴于晚明政治腐败、内忧外患不断，宋明理学流于空泛虚伪，致使清初学者多留心经世致用的学问。明朝亡于流寇、清朝定鼎中原后，一时学者痛定思痛，排斥空谈心性的宋明理学与阳明学，推究各朝代治乱兴衰的轨迹，提出种种改造政治与振兴社会的方案，使清初学术思想呈现实用主义的风气，发展出实事求是的考据学[14] 。清朝的四大学术：目录、训诂、考据、金石得到了迅速的发展。
考据学
考据学又称为“朴学”，强调客观实践，有疑问时求证，具有科学精神。考据学专研训诂、音韵和校勘等。而其治学远宗两汉的经师，有异于宋明理学，故又称为“汉学”。以
顾炎武、黄宗羲、王夫之并为明末清初三大儒，与方以智、朱舜水等人并称清初五大师，颜元也是这一时期的大师[14] 。顾炎武提倡“经学即理学”，提出以“实学”代替宋明理学，要学者直接研习六经。提倡天下兴亡，匹夫有责[15] 。著有《日知录》、
《音学五书》等，其学说发展成乾嘉学派。黄宗羲有“中国思想启蒙之父”之誉称，著有
《明儒学案》、《宋元学案》，是中国学术史之祖。他保护阳明学，排斥宋明理学，力主诚意慎独之说，蔚为浙东学派。王夫之强调实际行动是知识的基础，认为历史发展具有规律性，是“理势相成”。其思想发展成船山学，后人编为
《船山遗书》[14] 。
民主思想
以民为主的思想于清初也开始萌芽，黄宗羲和顾炎武、王夫之提倡
民权，所著的
《明夷待访录》攻击君主专制体制，提倡天下为主，君为客的观点[16] ，倍受清末革命党的推崇。部分学者认为黄宗羲的思想是近代民主主义的思想，有西方学者称黄宗羲为“中国自由主义的先驱”[14] 。清初思想家唐甄所著
《潜书》描述：“清兴五十年来，四海之内，日益困穷，农空、工空、市空、仕空[17] 。”，并指出皇帝是一切罪恶的根源，认为“自秦以来，凡帝王者皆贼也。”