驾驶证扣分超过12分的处理方法如下：
1.扣留驾驶证：驾驶证被扣满12分以上的，由公安机关交通管理部门扣留其机动车驾驶证。
2.驾驶资格注销：对其最高准驾车型的驾驶资格注销A、B类驾驶证，并在30日内办理降级、换证业务。
3.驾驶人应当在十五日内到相关场所参加为期七天的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。
4.驾驶人应当在二十日内参加道路交通安全法律、法规及相关知识的学习考试。
5.考试合格的，分数清零，机动车驾驶证交回。
6.考试不合格者继续参加学习和考试，拒绝参加学习和考试的驾驶证将被停发。
法律依据：《机动车驾驶证申领与使用规定》第六十八条规定：机动车驾驶人在一个记分周期内累计满12分的，由公安机关交通管理部门扣留机动车驾驶证。
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