公司的注册资本和实际缴纳情况不相符肯定是不合法的，因为国家虽然允许企业自行约定出资时间，但是最终的出资结果还是要符合法律上的规定的。例如国家规定的注册该企业的最低注册资本要求是10万元，在约定的时间内没有交够这10万元的话，对公司是很不利的。
一、注册资本和实缴不符的情况是否合法? 注册资本和实缴不符是不合法的，实收资本和注册资本不一样是可以的，注册资本是法律上规定的强制性要求，而实收资本则是企业在实际业务中遵循法律规定的结果，二者不是同一个概念，但在现行制度下，它们在金额上又是相等的。认缴资本需要在一定的期限内认缴。
根据我国《公司法》及相关司法解释的规定，股东未全面履行出资义务，可能面临的不利后果有:
1、向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任;
2、被公司登记机关处以罚款;
3、公司可能根据公司章程或股东会决议对该股东的利润分配请求权、新股优先认购权、剩余财产分配请求权等股东权利作出相应的合理限制;
4、通过股东会决议方式解除该股东的股东资格。
二、公司注册资本认缴制的具体规定有哪些? 1、允许自主约定注册资本总额，取消有限责任公司最低注册资本限制，理论上公司全体股东(发起人)可以申办“一元钱的公司”。
2、允许自主约定首次出资比例，取消首期出资额至少需达到认缴注册资本总额20%的规定，理论上公司设立时全体股东(发起人)均可以“零首付”。
3、允许自主约定出资方式和货币出资比例，不再限制货币出资金额占注册资本的比例。
4、允许自主约定出资期限，不再规定公司全体股东(发起人)缴纳出资的期限。
5、实行注册资本认缴登记制度，公司登记时无需提交验资报告。
6、实行企业年度报告公示制度，无须进行年检。
整体而言，正常情况下公司最后实缴的数额和法律上规定的注册资本应该是相吻合的。如果出现了注册资本和实缴不一致的情况，那就说明肯定是有股东没有如期完成自己的出资义务，这样的话，当地工商部门也要先追究公司的法律责任，然后其他股东再向该股东追责。